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- PDB-7wg5: Cyclic electron transport supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7wg5
タイトルCyclic electron transport supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ...) x 13
  • (Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ...) x 4
  • (Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ...) x 4
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein ...) x 4
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 9
  • Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
  • NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
  • NDH dependent flow 6
  • NdhO
  • NdhT
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードELECTRON TRANSPORT / Supercomplex / PSI / NDH-PSI / plant / Arabidopsis / cyclic electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / photosystem I antenna complex / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / cellular response to sulfate starvation / chloroplast photosystem I ...NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / photosystem I antenna complex / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / cellular response to sulfate starvation / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / thylakoid lumen / pigment binding / chloroplast membrane / protein histidine kinase binding / response to high light intensity / P450-containing electron transport chain / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / plastoglobule / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / ubiquinone biosynthetic process / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast envelope / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / plastid / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / chloroplast stroma / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem I / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / chloroplast thylakoid membrane / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / response to light stimulus / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / defense response to fungus / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / photosynthesis / aerobic respiration / response to cold / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / protein folding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / carbohydrate binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / : / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus ...Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / : / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / 4Fe-4S dicluster domain / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Adrenodoxin / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / NADH dehydrogenase, subunit C / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / Cyclophilin-like domain superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Chem-XAT / NdhO / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NDH dependent flow 6 / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 6, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Pan, X.W. / Li, M.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970264 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770778 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022
タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana.
著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32477
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
AB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
AC: Photosystem I iron-sulfur center
AD: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
AE: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
AF: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
AG: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
AH: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic
AI: Photosystem I reaction center subunit VIII
AJ: Photosystem I reaction center subunit IX
AK: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
AL: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
A1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
A3: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
A4: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
A6: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 6, chloroplastic
BA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
BB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
BC: Photosystem I iron-sulfur center
BD: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
BE: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
BF: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
BG: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
BH: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic
BI: Photosystem I reaction center subunit VIII
BJ: Photosystem I reaction center subunit IX
BK: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
BL: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
B1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
B2: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
B3: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
B5: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 5, chloroplastic
A: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
B: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
C: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
D: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
E: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
F: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
G: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
a: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic
b: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic
c: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic
d: NDH dependent flow 6
e: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
f: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic
g: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
h: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic
i: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic
j: Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
H: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
I: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
J: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
K: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
L: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic
M: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic
N: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
O: NdhO
T: NdhT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,963,889481
ポリマ－1,623,26558
非ポリマー340,625423
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 4分子 AABAABBB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83315.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56766, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82555.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56767, photosystem I

+
タンパク質 , 6種, 7分子 ACBCDdjOT

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 9049.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62090, photosystem I
#22: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 56992.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A1B1W4Z0, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#29: タンパク質 NDH dependent flow 6


分子量: 18699.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B3H6Z4
#35: タンパク質 Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic / Cyclophilin of 20 kDa 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-2 / PPIase CYP20-2 / Rotamase ...Cyclophilin of 20 kDa 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-2 / PPIase CYP20-2 / Rotamase CYP20-2 / Thylakoid lumen PPIase of 20 kDa / TLP20


分子量: 27915.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ASS6, peptidylprolyl isomerase
#43: タンパク質 NdhO


分子量: 17679.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178WB24
#44: タンパク質 NdhT


分子量: 10400.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: ...詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: MAYATSTYARTSCIILPKIQNGAHFTDNTKAFRRITARRVTRISSQGPTKPPKPSPGVDTRIHWESPDEGWIGGRSDPAKSVDEDKTNLLSDEKFAELIKDSFDSHYQFLGVSTDAHLEEIKSAYRRLSKEYHPDTTSLPLKTASEKFMKLREVYNVLSDEETRRFYDWTLAQEVASRQAEKMRMKLEDPKEQDFRGYESIPDMVDRLGGRNMELSDQAMTALTFDILIVLFAVCCIVFVIVFKDPSY
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 18分子 ADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBL

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit 2 / PSI-D2


分子量: 22336.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SA56
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / PSI-E A


分子量: 14984.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S831
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 24203.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SHE8
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PSI-G


分子量: 17103.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S7N7
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic / PSI-H1


分子量: 15291.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SUI6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 4137.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56768
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 5011.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56769
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 13219.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SUI5
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / PSI-L / PSI subunit V


分子量: 23070.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SUI4

+
Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 3分子 A1B1A4

#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / LHCI-730 / LHCII type III CAB-6 / Light-harvesting complex protein Lhca1


分子量: 26021.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q01667
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / LHCI type III CAB-4


分子量: 27760.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P27521

+
Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein ... , 4種, 5分子 A3B3A6B2B5

#14: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Lhca3*1 / LHCI type III LHCA3


分子量: 29206.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SY97
#16: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 6, chloroplastic / LHCI type III LHCA6


分子量: 29969.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LCQ4
#17: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic / Lhca2 / LHCI type III LHCA2


分子量: 27782.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SYW8
#18: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 5, chloroplastic / Lhca5 / LHCI type III LHCA5


分子量: 27830.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C639

+
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 13種, 13分子 ABCEFGHIJKLMN

#19: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 1 / NDH subunit 1 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 1


分子量: 40041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q37165, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#20: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / subunit 2 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 2


分子量: 57018.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A1B1W4Z4, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#21: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 3 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 3


分子量: 13846.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56751, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#23: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 4L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 4L


分子量: 11297.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P26289, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#24: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 5 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 5


分子量: 85300.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56752, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#25: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 6 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 6


分子量: 19218.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95695, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#36: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH- ...NAD(P)H dehydrogenase subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit H


分子量: 45553.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56753, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#37: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit I / NDH subunit I / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit I


分子量: 20107.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56755, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#38: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit J / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit J


分子量: 18579.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56754, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#39: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit K / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit K


分子量: 25396.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56756, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#40: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit L / NDH subunit L / NDH-L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit ...NAD(P)H dehydrogenase subunit L / NDH subunit L / NDH-L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit L / Protein CHLORORESPIRATORY REDUCTION 23


分子量: 21987.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9CAC5, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#41: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit M / NDH subunit M / NDH-M / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit M


分子量: 24820.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q2V2S7, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#42: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit N / NDH subunit N / NDH-N / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit N


分子量: 23430.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LVM2, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

+
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ... , 4種, 4分子 abce

#26: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Protein PnsB1 / NAD(P)H DEHYDROGENASE SUBUNIT 48 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 1


分子量: 51080.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S9N6
#27: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / Protein PnsB2 / NAD(P)H DEHYDROGENASE SUBUNIT 45 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 2


分子量: 38048.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94AQ8
#28: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / Protein PnsB3 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 4


分子量: 22448.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LU21
#30: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Protein PnsB5 / NAD(P)H dehydrogenase 18


分子量: 23767.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FG89

+
Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ... , 4種, 4分子 fghi

#31: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / PsbP-like protein 2


分子量: 26997.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O80634
#32: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic / PsbQ-like protein 1


分子量: 22183.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XI73
#33: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / PsbQ-like protein 2


分子量: 24811.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SGH4
#34: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic / FK506-binding protein 16-2 / AtFKBP16-2 / Immunophilin FKBP16-2 / Peptidyl-prolyl cis-trans ...FK506-binding protein 16-2 / AtFKBP16-2 / Immunophilin FKBP16-2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-2 / PPIase FKBP16-2 / Rotamase


分子量: 23282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SCY3, peptidylprolyl isomerase

+
糖 , 2種, 10分子

#50: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#51: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

+
非ポリマー , 11種, 413分子

#45: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#46: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#47: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#48: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#49: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#52: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#53: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#54: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#55: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#56: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#57: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cyclic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136022 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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