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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v7d | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), all RBD-down conformation | |||||||||||||||
![]() | Spike glycoprotein | |||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
![]() | Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1), all RBD-down conformation 著者: Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 580.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 476.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31767MC ![]() 7v76C ![]() 7v77C ![]() 7v78C ![]() 7v79C ![]() 7v7aC ![]() 7v7eC ![]() 7v7fC ![]() 7v7gC ![]() 7v7hC ![]() 7v7iC ![]() 7v7jC ![]() 7v7nC ![]() 7v7oC ![]() 7v7pC ![]() 7v7qC ![]() 7v7rC ![]() 7v7sC ![]() 7v7tC ![]() 7v7uC ![]() 7v7vC ![]() 7v7zC ![]() 7v80C ![]() 7v81C ![]() 7v82C ![]() 7v83C ![]() 7v84C ![]() 7v85C ![]() 7v86C ![]() 7v87C ![]() 7v88C ![]() 7v89C ![]() 7v8aC ![]() 7v8bC ![]() 7v8cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142266.422 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Kappa variant (B.1.617.1) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Kappa variant (B.1.617.1), all RBD-down conformation Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.54 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125540 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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