PDB-7v85: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v85

タイトル

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, two ACE2-bound form

要素

Angiotensin-converting enzyme 2,Green fluorescent protein
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / SARS-CoV-2 / Spike protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of signaling receptor activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / host cell surface / Virion Assembly and Release / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

Spike glycoprotein, N-terminal domain / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-3114-Y-001-001	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CDA-109-L08	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CFII-108-110	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CFII108-111	台湾

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Kappa variant (B.1.617.1) in complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain, two ACE2-bound form
著者: Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D.

履歴

登録	2021年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-31790 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v85.cif.gz	813.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v85.ent.gz	646.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v85_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v85_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7v85_validation.xml.gz	115.9 KB	表示
CIF形式データ	7v85_validation.cif.gz	177 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/7v85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/7v85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31790MC 31760C 31761C 31762C 31763C 31764C 31767C 31768C 31769C 31770C 31771C 31772C 31773C 31775C 31776C 31777C 31778C 31779C 31780C 31781C 31782C 31783C 31784C 31785C 31786C 31787C 31788C 31789C 31791C 31792C 31793C 31794C 31795C 31796C 31797C 31798C 31799C 31800C 7v76C 7v77C 7v78C 7v79C 7v7aC 7v7dC 7v7eC 7v7fC 7v7gC 7v7hC 7v7iC 7v7jC 7v7nC 7v7oC 7v7pC 7v7qC 7v7rC 7v7sC 7v7tC 7v7uC 7v7vC 7v7zC 7v80C 7v81C 7v82C 7v83C 7v84C 7v86C 7v87C 7v88C 7v89C 7v8aC 7v8bC 7v8cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a97-d 7v81-d 7mjm-d 7604 6f1u-d 3nnk-d 11687 7dk6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (9) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (9) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (9)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (9)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#12 - 2000年12月
ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

F: Angiotensin-converting enzyme 2,Green fluorescent protein

H: Angiotensin-converting enzyme 2,Green fluorescent protein

ヘテロ分子

639 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 142266.422 Da / 分子数: 3
変異: E154K, E484Q, R682G, R683S, R685S, K986P, V987P, Q1071H, H1101D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: タンパク質

Angiotensin-converting enzyme 2,Green fluorescent protein / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related ...

分子量: 98273.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of ACE2 ectodomain, linkers and C-terminal sGFP
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ

#3: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	詳細	Entity ID	Parent-ID	由来
1	SARS-CoV-2 spike glycoprotein complex with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain	COMPLEX	S-Kappa variant and ACE2 ectodomain fused with a C-terminal sGFP	#1-#2	0	MULTIPLE SOURCES
2	SARS-CoV-2 spike glycoprotein	COMPLEX		#1	1	RECOMBINANT
3	Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) ectodomain	COMPLEX		#2	1	RECOMBINANT

分子量

値: 0.54 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)	2697049
3	2	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	2	Homo sapiens (ヒト)	9606

緩衝液

pH: 7.6

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM		Tris	1
2	150 mM		NaCl	1
3	0.02 %	sodium azide		1

試料

濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 1 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
2	EPU	画像取得
4	cryoSPARC	CTF補正
10	cryoSPARC	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66721 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 379.33 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0046	35938
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5983	48892
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0502	5645
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0041	6233
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.1341	5076

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)