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- PDB-7thx: Cryo-EM structure of W6 possum enterovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7thx
タイトルCryo-EM structure of W6 possum enterovirus
要素(Capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / enterovirus / icosahedral
機能・相同性Jelly Rolls - #20 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / : / SPHINGOSINE
機能・相同性情報
生物種Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Wang, I. / Jayawardena, N. / Strauss, M. / Bostina, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPAS/00011-2020 カナダ
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure of a Possum Enterovirus.
著者: Ivy Wang / Sandeep K Gupta / Guillaume Ems / Nadishka Jayawardena / Mike Strauss / Mihnea Bostina /
要旨: Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess ...Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess the structural diversity of these picornaviruses. The capsid structure, determined to ~3 Å resolution by single particle analysis, exhibits a largely smooth surface, similar to EV-F3 (formerly BEV-2). Although the cellular receptor is not known, the absence of charged residues on the outer surface of the canyon suggest a different receptor type than for EV-F3. Density for the pocket factor is clear, with the entrance to the pocket being smaller than for other enteroviruses.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / refine / Item: _refine.ls_d_res_high
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-25905
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25905
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3
4: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8586
ポリマ－91,5204
非ポリマー3392
水37821
1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3
4: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,511,504360
ポリマ－5,491,189240
非ポリマー20,315120
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3
4: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 459 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,29230
ポリマ－457,59920
非ポリマー1,69310
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP3
4: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 551 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,15036
ポリマ－549,11924
非ポリマー2,03212
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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Capsid protein ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 30311.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 26577.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 26997.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7632.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 23分子

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Possum enterovirus W6
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.9画像取得
4CTFFIND4.08CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12RELION3.1３次元再構成
13REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9687 / 詳細: relion 3.1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 5OSN

5osn


Accession code: 5OSN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.96→114.838 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.745 / WRfactor Rwork: 0.271 / SU B: 13.188 / SU ML: 0.224 / Average fsc overall: 0.9236 / Average fsc work: 0.9236 / ESU R: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2714 66237 -
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.726 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 37770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0110.0136226
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0155742
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.981.6518499
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.3491.5713205
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.8195772
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.18222.372312
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.53315939
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg19.6371534
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.090.2834
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.027126
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.021484
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1650.21436
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1640.28832
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1630.25732
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0820.26058
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.120.296
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.0480.22
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.5682.8123100
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.5622.8093099
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.094.2123868
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other6.0924.2153869
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.013.4473126
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.0093.4523127
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it10.2954.9014631
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other10.2944.9054632
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it16.1353.98321588
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other16.09753.96321581
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.1-3.180.56848630.56848630.780.568
3.18-3.2680.41447970.41447970.8470.414
3.268-3.3620.33546220.33546220.8790.335
3.362-3.4660.27445940.27445940.910.274
3.466-3.5790.23543430.23543430.930.235
3.579-3.7050.21541980.21541980.9450.215
3.705-3.8440.2141130.2141130.9520.21
3.844-4.0010.21238850.21238850.960.212
4.001-4.1790.20838200.20838200.9680.208
4.179-4.3820.21435370.21435370.970.214
4.382-4.6190.21534600.21534600.9730.215
4.619-4.8990.20132440.20132440.9730.201
4.899-5.2360.18130520.18130520.9710.181
5.236-5.6550.18127960.18127960.9620.181
5.655-6.1930.21825830.21825830.9460.218
6.193-6.9220.25223920.25223920.9330.252
6.922-7.9880.3220480.3220480.9090.32
7.988-9.7710.34817820.34817820.9080.348
9.771-13.7690.44713510.44713510.9150.447
13.769-114.8381.2317571.2317570.9521.231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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