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- PDB-7tbh: cryo-EM structure of MBP-KIX-apoferritin complex with peptide 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbh
タイトルcryo-EM structure of MBP-KIX-apoferritin complex with peptide 7
要素
  • Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
  • LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Protein Engineering / Simulation / Peptide Therapeutics / Acute Myeloid Leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ferroxidase / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / homeostatic process / autolysosome / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase activity / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / cAMP/PKA signal transduction / protein-lysine-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cellular response to heat / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / Neutrophil degranulation / canonical NF-kappaB signal transduction / endocytic vesicle lumen / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / ferric iron binding / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / autophagosome / cellular response to nutrient levels / iron ion transport / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / ferrous iron binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / positive regulation of protein localization to nucleus / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Evasion by RSV of host interferon responses / Pre-NOTCH Transcription and Translation / protein destabilization / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / tau protein binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription coactivator binding / p53 binding / cellular response to UV / transcription corepressor activity / rhythmic process / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein-containing complex assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : ...Coactivator CBP, KIX domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, K. / Horikoshi, N. / Li, S. / Powers, A. / Hameedi, M. / Pintilie, G. / Chae, H. / Khan, Y. / Suomivuori, C. / Dror, R. ...Zhang, K. / Horikoshi, N. / Li, S. / Powers, A. / Hameedi, M. / Pintilie, G. / Chae, H. / Khan, Y. / Suomivuori, C. / Dror, R. / Sakamoto, K. / Chiu, W. / Wakatsuki, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM, Protein Engineering, and Simulation Enable the Development of Peptide Therapeutics against Acute Myeloid Leukemia.
著者: Kaiming Zhang / Naoki Horikoshi / Shanshan Li / Alexander S Powers / Mikhail A Hameedi / Grigore D Pintilie / Hee-Don Chae / Yousuf A Khan / Carl-Mikael Suomivuori / Ron O Dror / Kathleen M ...著者: Kaiming Zhang / Naoki Horikoshi / Shanshan Li / Alexander S Powers / Mikhail A Hameedi / Grigore D Pintilie / Hee-Don Chae / Yousuf A Khan / Carl-Mikael Suomivuori / Ron O Dror / Kathleen M Sakamoto / Wah Chiu / Soichi Wakatsuki /
要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a viable structural tool for molecular therapeutics development against human diseases. However, it remains a challenge to determine structures ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a viable structural tool for molecular therapeutics development against human diseases. However, it remains a challenge to determine structures of proteins that are flexible and smaller than 30 kDa. The 11 kDa KIX domain of CREB-binding protein (CBP), a potential therapeutic target for acute myeloid leukemia and other cancers, is a protein which has defied structure-based inhibitor design. Here, we develop an experimental approach to overcome the size limitation by engineering a protein double-shell to sandwich the KIX domain between apoferritin as the inner shell and maltose-binding protein as the outer shell. To assist homogeneous orientations of the target, disulfide bonds are introduced at the target-apoferritin interface, resulting in a cryo-EM structure at 2.6 Å resolution. We used molecular dynamics simulations to design peptides that block the interaction of the KIX domain of CBP with the intrinsically disordered pKID domain of CREB. The double-shell design allows for fluorescence polarization assays confirming the binding between the KIX domain in the double-shell and these interacting peptides. Further cryo-EM analysis reveals a helix-helix interaction between a single KIX helix and the best peptide, providing a possible strategy for developments of next-generation inhibitors.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-25799
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25799
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
B: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
C: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
D: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
E: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
F: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
G: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
H: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
I: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
J: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
K: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
L: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
M: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
N: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
O: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
P: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Q: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
R: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
S: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
T: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
U: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
V: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
W: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
X: Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
a: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
b: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
c: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
d: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
e: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
f: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
g: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
h: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
i: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
j: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
k: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
l: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
m: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
n: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
o: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
p: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
q: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
r: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
s: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
t: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
u: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
v: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
w: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO
x: LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)784,34148
ポリマ－784,34148
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Isoform 2 of CREB-binding protein,Ferritin heavy chain, N-terminally processed / Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Protein-lysine acetyltransferase CREBBP


分子量: 30408.438 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP, Fth1, Fth
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q92793, UniProt: P09528, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド ...
LEU-SER-ARG-ARG-PRO-SEP-TYR-ARG-LYS-ILE-LEU-ASN-ASP-LEU-SER-SER-ASP-ALA-PRO


分子量: 2272.457 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MBP-KIX-apoferritin complex with peptide 7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: MBP-KIX-apoferritin complex with peptide 7
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 43.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2490
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22.3粒子像選択
2EPU2.7画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.41モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 124114
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35613 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / Target criteria: Q-score

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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