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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sg4 | ||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV Spike Protein Trimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | ||||||
データ登録者 | Gobeil, S. / Acharya, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022 タイトル: A broadly cross-reactive antibody neutralizes and protects against sarbecovirus challenge in mice. 著者: David R Martinez / Alexandra Schäfer / Sophie Gobeil / Dapeng Li / Gabriela De la Cruz / Robert Parks / Xiaozhi Lu / Maggie Barr / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Esther Beaudoin / ...著者: David R Martinez / Alexandra Schäfer / Sophie Gobeil / Dapeng Li / Gabriela De la Cruz / Robert Parks / Xiaozhi Lu / Maggie Barr / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Esther Beaudoin / Kartik Manne / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / Kenneth Cronin / Boyd Yount / Kara Anasti / Stephanie A Montgomery / Juanjie Tang / Hana Golding / Shaunna Shen / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Barney S Graham / John R Mascola / David C Montefiori / S Munir Alam / Gregory Sempowski / Gregory D Sempowski / Surender Khurana / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / Ralph S Baric / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronaviruses 1 (SARS-CoV) and 2 (SARS-CoV-2), including SARS-CoV-2 variants of concern, can cause deadly infections. The mortality associated with sarbecovirus ...Severe acute respiratory syndrome coronaviruses 1 (SARS-CoV) and 2 (SARS-CoV-2), including SARS-CoV-2 variants of concern, can cause deadly infections. The mortality associated with sarbecovirus infection underscores the importance of developing broadly effective countermeasures against them, which could be key in the prevention and mitigation of current and future zoonotic events. Here, we demonstrate the neutralization of SARS-CoV; bat coronaviruses WIV-1 and RsSHC014; and SARS-CoV-2 variants D614G, B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.429, B.1.526, B.1.617.1, and B.1.617.2 by a receptor binding domain (RBD)–specific human antibody, DH1047. Prophylactic and therapeutic treatment with DH1047 was protective against SARS-CoV, WIV-1, RsSHC014, and SARS-CoV-2 B.1.351 infection in mice. Binding and structural analysis showed high affinity binding of DH1047 to an epitope that is highly conserved among sarbecoviruses. Thus, DH1047 is a broadly protective antibody that can prevent infection and mitigate outbreaks caused by SARS-related strains and SARS-CoV-2 variants. Our results also suggest that the conserved RBD epitope bound by DH1047 is a rational target for a universal sarbecovirus vaccine. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sg4.cif.gz | 651.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sg4.ent.gz | 539.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sg4_validation.pdf.gz | 851.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sg4_full_validation.pdf.gz | 880.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sg4_validation.xml.gz | 90.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sg4_validation.cif.gz | 144.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sg4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140644.547 Da / 分子数: 3 / 変異: K968P, V969P / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-term Expression tags: GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL = T4 fibritin trimerization motif LEVLFQ = HRV3C protease site HHHHHHHH = His Tag WSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEK = Strep tag 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594 #2: 抗体 | | 分子量: 24834.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 24398.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 54.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284619 / 対称性のタイプ: POINT |