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万見
- EMDB-25105: Structure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25105
タイトルStructure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047
マップデータcryosparc generated map
試料
  • 複合体: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: DH1047 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1047 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV Spike Protein Trimer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Gobeil S / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: A broadly cross-reactive antibody neutralizes and protects against sarbecovirus challenge in mice.
著者: David R Martinez / Alexandra Schäfer / Sophie Gobeil / Dapeng Li / Gabriela De la Cruz / Robert Parks / Xiaozhi Lu / Maggie Barr / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Esther Beaudoin / ...著者: David R Martinez / Alexandra Schäfer / Sophie Gobeil / Dapeng Li / Gabriela De la Cruz / Robert Parks / Xiaozhi Lu / Maggie Barr / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Esther Beaudoin / Kartik Manne / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / Kenneth Cronin / Boyd Yount / Kara Anasti / Stephanie A Montgomery / Juanjie Tang / Hana Golding / Shaunna Shen / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Barney S Graham / John R Mascola / David C Montefiori / S Munir Alam / Gregory Sempowski / Gregory D Sempowski / Surender Khurana / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / Ralph S Baric /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronaviruses 1 (SARS-CoV) and 2 (SARS-CoV-2), including SARS-CoV-2 variants of concern, can cause deadly infections. The mortality associated with sarbecovirus ...Severe acute respiratory syndrome coronaviruses 1 (SARS-CoV) and 2 (SARS-CoV-2), including SARS-CoV-2 variants of concern, can cause deadly infections. The mortality associated with sarbecovirus infection underscores the importance of developing broadly effective countermeasures against them, which could be key in the prevention and mitigation of current and future zoonotic events. Here, we demonstrate the neutralization of SARS-CoV; bat coronaviruses WIV-1 and RsSHC014; and SARS-CoV-2 variants D614G, B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.429, B.1.526, B.1.617.1, and B.1.617.2 by a receptor binding domain (RBD)–specific human antibody, DH1047. Prophylactic and therapeutic treatment with DH1047 was protective against SARS-CoV, WIV-1, RsSHC014, and SARS-CoV-2 B.1.351 infection in mice. Binding and structural analysis showed high affinity binding of DH1047 to an epitope that is highly conserved among sarbecoviruses. Thus, DH1047 is a broadly protective antibody that can prevent infection and mitigate outbreaks caused by SARS-related strains and SARS-CoV-2 variants. Our results also suggest that the conserved RBD epitope bound by DH1047 is a rational target for a universal sarbecovirus vaccine.
履歴
登録2021年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sg4
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryosparc generated map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-0.89491105 - 3.576813
平均 (標準偏差)0.00054165063 (±0.14894558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-300
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.8953.5770.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibo...

全体名称: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047
要素
  • 複合体: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: DH1047 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1047 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibo...

超分子名称: SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: C-term Expression tags: GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL = T4 fibritin trimerization motif LEVLFQ = HRV3C protease site HHHHHHHH = His Tag WSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEK = Strep tag
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 140.644547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFIFLLFLTL TSGSDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYF AATEKSNVVR GWVFGSTMNN KSQSVIIINN STNVVIRACN FELCDNPFFA VSKPMGTQTH TMIFDNAFNC T FEYISDAF ...文字列:
MFIFLLFLTL TSGSDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYF AATEKSNVVR GWVFGSTMNN KSQSVIIINN STNVVIRACN FELCDNPFFA VSKPMGTQTH TMIFDNAFNC T FEYISDAF SLDVSEKSGN FKHLREFVFK NKDGFLYVYK GYQPIDVVRD LPSGFNTLKP IFKLPLGINI TNFRAILTAF SP AQDIWGT SAAAYFVGYL KPTTFMLKYD ENGTITDAVD CSQNPLAELK CSVKSFEIDK GIYQTSNFRV VPSGDVVRFP NIT NLCPFG EVFNATKFPS VYAWERKKIS NCVADYSVLY NSTFFSTFKC YGVSATKLND LCFSNVYADS FVVKGDDVRQ IAPG QTGVI ADYNYKLPDD FMGCVLAWNT RNIDATSTGN YNYKYRYLRH GKLRPFERDI SNVPFSPDGK PCTPPALNCY WPLND YGFY TTTGIGYQPY RVVVLSFELL NAPATVCGPK LSTDLIKNQC VNFNFNGLTG TGVLTPSSKR FQPFQQFGRD VSDFTD SVR DPKTSEILDI SPCSFGGVSV ITPGTNASSE VAVLYQDVNC TDVSTAIHAD QLTPAWRIYS TGNNVFQTQA GCLIGAE HV DTSYECDIPI GAGICASYHT VSLLRSTSQK SIVAYTMSLG ADSSIAYSNN TIAIPTNFSI SITTEVMPVS MAKTSVDC N MYICGDSTEC ANLLLQYGSF CTQLNRALSG IAAEQDRNTR EVFAQVKQMY KTPTLKYFGG FNFSQILPDP LKPTKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFMKQYG ECLGDINARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDD MIAAYTAALV SGTATAGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKQIANQF NKAISQIQES LTTTSTALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL N DILSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQAA PH GVVFLHV TYVPSQERNF TTAPAICHEG KAYFPREGVF VFNGTSWFIT QRNFFSPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIINN TVY DPLQPE LDSFKEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQGSGYIP EAPR DGQAY VRKDGEWVLL STFLGRSLEV LFQGPGHHHH HHHHSAWSHP QFEKGGGSGG GGSGGSAWSH PQFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: DH1047 Heavy chain

分子名称: DH1047 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.834654 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVQV SCQASANTFT NHYIHWVRQA PGQGLEWMGI IYPTGGNTIY AQGFQGRVTM TRDTSLNTIY LELSSLRSE DTAVYYCARD VRVDDSWSGY DLLSGGTYFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVQV SCQASANTFT NHYIHWVRQA PGQGLEWMGI IYPTGGNTIY AQGFQGRVTM TRDTSLNTIY LELSSLRSE DTAVYYCARD VRVDDSWSGY DLLSGGTYFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPK

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分子 #3: DH1047 light chain

分子名称: DH1047 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.398033 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCRSSQSVL YSSNNENYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGIPDRFSG SGSGTDFTLT ISRLQAEDV AVYYCQQYYS LPRTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCRSSQSVL YSSNNENYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGIPDRFSG SGSGTDFTLT ISRLQAEDV AVYYCQQYYS LPRTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 47 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ld1


詳細: Kabat numbering for the Fab used as in this model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 284619
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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