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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ryp | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of KIFBP:KIF15 | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / kinesin regulation protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plus-end kinesin complex / transport along microtubule / centrosome separation / central nervous system projection neuron axonogenesis / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitochondrion transport along microtubule / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex ...plus-end kinesin complex / transport along microtubule / centrosome separation / central nervous system projection neuron axonogenesis / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitochondrion transport along microtubule / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / kinesin binding / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly / neuron projection maintenance / protein sequestering activity / MHC class II antigen presentation / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / in utero embryonic development / microtubule / cytoskeleton / centrosome / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||||||||||||||
Model details | MODEL GENERATED BY ROSETTA VERSION 2020.08+release.cb1caba | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Solon, A.L. / Tan, Z. / Schutt, K.L. / Jepsen, L. / Haynes, S.E. / Nesvizhskii, A.I. / Sept, D. / Stumpff, J. / Ohi, R. / Cianfrocco, M.A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Kinesin-binding protein remodels the kinesin motor to prevent microtubule binding. 著者: April L Solon / Zhenyu Tan / Katherine L Schutt / Lauren Jepsen / Sarah E Haynes / Alexey I Nesvizhskii / David Sept / Jason Stumpff / Ryoma Ohi / Michael A Cianfrocco / 要旨: Kinesins are regulated in space and time to ensure activation only in the presence of cargo. Kinesin-binding protein (KIFBP), which is mutated in Goldberg-Shprintzen syndrome, binds to and inhibits ...Kinesins are regulated in space and time to ensure activation only in the presence of cargo. Kinesin-binding protein (KIFBP), which is mutated in Goldberg-Shprintzen syndrome, binds to and inhibits the catalytic motor heads of 8 of 45 kinesin superfamily members, but the mechanism remains poorly defined. Here, we used cryo–electron microscopy and cross-linking mass spectrometry to determine high-resolution structures of KIFBP alone and in complex with two mitotic kinesins, revealing structural remodeling of kinesin by KIFBP. We find that KIFBP remodels kinesin motors and blocks microtubule binding (i) via allosteric changes to kinesin and (ii) by sterically blocking access to the microtubule. We identified two regions of KIFBP necessary for kinesin binding and cellular regulation during mitosis. Together, this work further elucidates the molecular mechanism of KIFBP-mediated kinesin inhibition and supports a model in which structural rearrangement of kinesin motor domains by KIFBP abrogates motor protein activity. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ryp.cif.gz | 277.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ryp.ent.gz | 225.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ryp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ryp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ryp_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ryp_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ryp_validation.cif.gz | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40935.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF15, KLP2, KNSL7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NS87 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 71913.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIFBP, KBP, KIAA1279, KIF1BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EK5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cryo-EM structure of KIF15:KIFBP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101698 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |