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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rye | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the needle filament-tip complex of the Salmonella type III secretion injectisome | ||||||
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![]() | CELL INVASION / protein secretion / bacterial pathogenesis / organelle assembly | ||||||
機能・相同性 | ![]() type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / : / cell surface / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
![]() | Guo, E.Z. / Galan, J.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the needle filament tip complex of the type III secretion injectisome. 著者: Emily Z Guo / Jorge E Galán / ![]() 要旨: Type III secretion systems are multiprotein molecular machines required for the virulence of several important bacterial pathogens. The central element of these machines is the injectisome, a ∼5-Md ...Type III secretion systems are multiprotein molecular machines required for the virulence of several important bacterial pathogens. The central element of these machines is the injectisome, a ∼5-Md multiprotein structure that mediates the delivery of bacterially encoded proteins into eukaryotic target cells. The injectisome is composed of a cytoplasmic sorting platform, and a membrane-embedded needle complex, which is made up of a multiring base and a needle-like filament that extends several nanometers from the bacterial surface. The needle filament is capped at its distal end by another substructure known as the tip complex, which is crucial for the translocation of effector proteins through the eukaryotic cell plasma membrane. Here we report the cryo-EM structure of the Typhimurium needle tip complex docked onto the needle filament tip. Combined with a detailed analysis of structurally guided mutants, this study provides major insight into the assembly and function of this essential component of the type III secretion protein injection machine. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 356.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 878.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 921.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8864.868 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P41784 #2: タンパク質 | 分子量: 37141.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A0C5PQX9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The needle complex with tip / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: SL1344 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mAmp / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27737 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 85 / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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