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- PDB-7ry3: Multidrug Efflux pump AdeJ with TP-6076 bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ry3
タイトルMultidrug Efflux pump AdeJ with TP-6076 bound
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / multidrug efflux pump / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Chem-80P / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Zhang, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: An Analysis of the Novel Fluorocycline TP-6076 Bound to Both the Ribosome and Multidrug Efflux Pump AdeJ from Acinetobacter baumannii.
著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Robert A Bonomo / Edward W Yu /
要旨: Antibiotic resistance among bacterial pathogens continues to pose a serious global health threat. Multidrug-resistant (MDR) strains of the Gram-negative organism Acinetobacter baumannii utilize a ...Antibiotic resistance among bacterial pathogens continues to pose a serious global health threat. Multidrug-resistant (MDR) strains of the Gram-negative organism Acinetobacter baumannii utilize a number of resistance determinants to evade current antibiotics. One of the major resistance mechanisms employed by these pathogens is the use of multidrug efflux pumps. These pumps extrude xenobiotics directly out of bacterial cells, resulting in treatment failures when common antibiotics are administered. Here, the structure of the novel tetracycline antibiotic TP-6076, bound to both the cinetobacter rug fflux pump AdeJ and the ribosome from Acinetobacter baumannii, using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), is elucidated. In this work, the structure of the AdeJ-TP-6076 complex is solved, and we show that AdeJ utilizes a network of hydrophobic interactions to recognize this fluorocycline. Concomitant with this, we elucidate three structures of TP-6076 bound to the A. baumannii ribosome and determine that its binding is stabilized largely by electrostatic interactions. We then compare the differences in binding modes between TP-6076 and the related tetracycline antibiotic eravacycline in both targets. These differences suggest that modifications to the tetracycline core may be able to alter AdeJ binding while maintaining interactions with the ribosome. Together, this work highlights how different mechanisms are used to stabilize the binding of tetracycline-based compounds to unique bacterial targets and provides guidance for the future clinical development of tetracycline antibiotics. Treatment of antibiotic-resistant organisms such as A. baumannii represents an ongoing issue for modern medicine. The multidrug efflux pump AdeJ serves as a major resistance determinant in A. baumannii through its action of extruding antibiotics from the cell. In this work, we use cryo-EM to show how AdeJ recognizes the experimental tetracycline antibiotic TP-6076 and prevents this drug from interacting with the A. baumannii ribosome. Since AdeJ and the ribosome use different binding modes to stabilize interactions with TP-6076, exploiting these differences may guide future drug development for combating antibiotic-resistant A. baumannii and potentially other strains of MDR bacteria.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24732
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Efflux pump membrane transporter
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,4934
ポリマ－343,9133
非ポリマー5801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17080 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area119830 Å2

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要素

#1: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 114637.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: adeJ, mexB_1, mexB_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FD94
#2: 化合物 ChemComp-80P / (4S,4aS,5aR,12aS)-4-(diethylamino)-3,10,12,12a-tetrahydroxy-1,11-dioxo-8-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]-7-(trifluoromethyl)-1,4,4a,5,5a,6,11,12a-octahydrotetracene-2-carboxamide / TP-6076


分子量: 579.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32F3N3O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: multidrug efflux pump AdeJ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68346 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 62.46 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010924443
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.548133249
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.11263913
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00874262
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.47838789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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