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- PDB-7rxc: CryoEM structure of KDELR with Legobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rxc
タイトルCryoEM structure of KDELR with Legobody
要素
  • ER lumen protein-retaining receptor 2
  • Fab_8D3_2 heavy chain
  • Fab_8D3_2 light chain
  • Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
  • Nb_KR
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / protein A / maltose-binding protein / Fab / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


KDEL sequence binding / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / IgG binding ...KDEL sequence binding / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / IgG binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / protein transport / periplasmic space / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor signature 1. / ER lumen protein retaining receptor signature 2. / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain ...ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor signature 1. / ER lumen protein retaining receptor signature 2. / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-POV / Maltodextrin-binding protein / Immunoglobulin G-binding protein G / Immunoglobulin G-binding protein A / ER lumen protein-retaining receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
Escherichia coli (大腸菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Streptococcus sp. (バクテリア)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, X.D. / Rapoport, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM052586 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure determination of small proteins by nanobody-binding scaffolds (Legobodies).
著者: Xudong Wu / Tom A Rapoport /
要旨: We describe a general method that allows structure determination of small proteins by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The method is based on the availability of a target-binding ...We describe a general method that allows structure determination of small proteins by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The method is based on the availability of a target-binding nanobody, which is then rigidly attached to two scaffolds: 1) a Fab fragment of an antibody directed against the nanobody and 2) a nanobody-binding protein A fragment fused to maltose binding protein and Fab-binding domains. The overall ensemble of ∼120 kDa, called Legobody, does not perturb the nanobody-target interaction, is easily recognizable in EM images due to its unique shape, and facilitates particle alignment in cryo-EM image processing. The utility of the method is demonstrated for the KDEL receptor, a 23-kDa membrane protein, resulting in a map at 3.2-Å overall resolution with density sufficient for de novo model building, and for the 22-kDa receptor-binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 spike protein, resulting in a map at 3.6-Å resolution that allows analysis of the binding interface to the nanobody. The Legobody approach thus overcomes the current size limitations of cryo-EM analysis.
履歴
登録2021年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab_8D3_2 heavy chain
L: Fab_8D3_2 light chain
N: Nb_KR
B: Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
K: ER lumen protein-retaining receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,74610
ポリマ－153,3645
非ポリマー3,3835
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLNB

#1: 抗体 Fab_8D3_2 heavy chain


分子量: 25252.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab_8D3_2 light chain


分子量: 24095.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hek293 freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Nb_KR


分子量: 14698.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA / IgG-binding protein G


分子量: 59233.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア)
遺伝子: DAH37_23060, spa, spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4Z0THX4, UniProt: P99134, UniProt: P06654

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 6分子 K

#5: タンパク質 ER lumen protein-retaining receptor 2 / KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 2 / KDEL receptor 2


分子量: 30083.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KDELR2, RCJMB04_8l23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q5ZKX9
#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of KDELR with Legobody / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 51.44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 246878 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039592
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56413010
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2981327
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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