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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qwq | ||||||
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タイトル | Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC | ||||||
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![]() | RIBOSOME / SRP / NAC / nascent chain / co-translational / Endoplasmic reticulum / co-translational protein targeting / co-translational folding | ||||||
機能・相同性 | ![]() PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / FLT3 signaling through SRC family kinases / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process ...PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / FLT3 signaling through SRC family kinases / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / cardiac ventricle development / granulocyte differentiation / endoplasmic reticulum signal peptide binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / signal recognition particle binding / signal recognition particle / cotranslational protein targeting to membrane / signal-recognition-particle GTPase / protein targeting to ER / skeletal muscle tissue regeneration / heart trabecula morphogenesis / 7S RNA binding / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / embryonic hemopoiesis / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / rough endoplasmic reticulum / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / neutrophil chemotaxis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cytokine activity / positive regulation of translation / wound healing / cellular response to gamma radiation / receptor tyrosine kinase binding / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / rRNA processing / GDP binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein transport / retina development in camera-type eye / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / defense response to Gram-negative bacterium / in utero embryonic development / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / transcription coactivator activity / postsynaptic density / nuclear body / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / nuclear speck / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / response to xenobiotic stimulus / translation / protein domain specific binding / focal adhesion / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / nucleolus / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||
![]() | Jomaa, A. / Gamerdinger, M. / Hsieh, H. / Wallisch, A. / Chandrasekaran, V. / Ulusoy, Z. / Scaiola, A. / Hegde, R. / Shan, S. / Ban, N. / Deuerling, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of signal sequence handover from NAC to SRP on ribosomes during ER-protein targeting. 著者: Ahmad Jomaa / Martin Gamerdinger / Hao-Hsuan Hsieh / Annalena Wallisch / Viswanathan Chandrasekaran / Zeynel Ulusoy / Alain Scaiola / Ramanujan S Hegde / Shu-Ou Shan / Nenad Ban / Elke Deuerling / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The nascent polypeptide-associated complex (NAC) interacts with newly synthesized proteins at the ribosomal tunnel exit and competes with the signal recognition particle (SRP) to prevent mistargeting ...The nascent polypeptide-associated complex (NAC) interacts with newly synthesized proteins at the ribosomal tunnel exit and competes with the signal recognition particle (SRP) to prevent mistargeting of cytosolic and mitochondrial polypeptides to the endoplasmic reticulum (ER). How NAC antagonizes SRP and how this is overcome by ER targeting signals are unknown. Here, we found that NAC uses two domains with opposing effects to control SRP access. The core globular domain prevented SRP from binding to signal-less ribosomes, whereas a flexibly attached domain transiently captured SRP to permit scanning of nascent chains. The emergence of an ER-targeting signal destabilized NAC's globular domain and facilitated SRP access to the nascent chain. These findings elucidate how NAC hands over the signal sequence to SRP and imparts specificity of protein localization. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1578
#1: RNA鎖 | 分子量: 54095.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 1539032.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Signal recognition particle ... , 3種, 3分子 qvx
#2: タンパク質 | 分子量: 16183.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 70831.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 55847.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant G226E / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P61011, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-タンパク質 , 12種, 12分子 suABDFmopQXt
#3: タンパク質 | 分子量: 9549.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: this will need to changed to UNK / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 17724.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 26570.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 26662.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 16130.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 21457.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 23406.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 bcCEfgGhHiIkLMnOPrRSTZa
-Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 dejJlNUVWY
#13: タンパク質 | 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#15: タンパク質 | 分子量: 18350.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 11836.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 102分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#53: 化合物 | ChemComp-MG / #54: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51843 / 対称性のタイプ: POINT |