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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qo9 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 - RBD and NTD (Local) | ||||||
要素 | Spike glycoprotein,SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||
データ登録者 | Ni, D. / Lau, K. / Turelli, P. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Pojer, F. / Myasnikov, A. / Stahlberg, H. / Trono, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of the Spike of the Omicron SARS-COV-2 variant by cryo-EM and implications for immune evasion 著者: Ni, D. / Lau, K. / Turelli, P. / Raclot, C. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Pojer, F. / Myasnikov, A. / Stahlberg, H. / Trono, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qo9.cif.gz | 236 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qo9.ent.gz | 181.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qo9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qo9_validation.pdf.gz | 904.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qo9_full_validation.pdf.gz | 919.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qo9_validation.xml.gz | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qo9_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qo9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142558.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Spike Trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 752 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76450 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XM3 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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