[日本語] English
万見
- PDB-7pqd: Cryo-EM structure of the dimeric Rhodobacter sphaeroides RC-LH1 c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pqd
タイトルCryo-EM structure of the dimeric Rhodobacter sphaeroides RC-LH1 core complex at 2.9 A: the structural basis for dimerisation
要素
  • LH1-alpha
  • LH1-beta
  • PufX
  • PufY
  • PufZ
  • RC-H
  • RC-L
  • Reaction center protein M chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light harvesting complex / Cryo-EM / purple bacteria / RC-LH1 / RC-LH1-PufXYZ / dimer / dimeric core complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / : / 3,4-DIHYDROSPHEROIDENE / Chem-SQD / UBIQUINONE-10 / UBIQUINONE-1 / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Qian, P. / Hunter, C.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
European Research Council (ERC)845126 英国
Wellcome Trust209407/Z/17/Z 英国
引用
ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the dimeric Rhodobacter sphaeroides RC-LH1 core complex at 2.9 Å: the structural basis for dimerisation.
著者: Pu Qian / Tristan I Croll / Andrew Hitchcock / Philip J Jackson / Jack H Salisbury / Pablo Castro-Hartmann / Kasim Sader / David J K Swainsbury / C Neil Hunter /
要旨: The dimeric reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) core complex of Rhodobacter sphaeroides converts absorbed light energy to a charge separation, and then it reduces a quinone electron and ...The dimeric reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) core complex of Rhodobacter sphaeroides converts absorbed light energy to a charge separation, and then it reduces a quinone electron and proton acceptor to a quinol. The angle between the two monomers imposes a bent configuration on the dimer complex, which exerts a major influence on the curvature of the membrane vesicles, known as chromatophores, where the light-driven photosynthetic reactions take place. To investigate the dimerisation interface between two RC-LH1 monomers, we determined the cryogenic electron microscopy structure of the dimeric complex at 2.9 Å resolution. The structure shows that each monomer consists of a central RC partly enclosed by a 14-subunit LH1 ring held in an open state by PufX and protein-Y polypeptides, thus enabling quinones to enter and leave the complex. Two monomers are brought together through N-terminal interactions between PufX polypeptides on the cytoplasmic side of the complex, augmented by two novel transmembrane polypeptides, designated protein-Z, that bind to the outer faces of the two central LH1 β polypeptides. The precise fit at the dimer interface, enabled by PufX and protein-Z, by C-terminal interactions between opposing LH1 αβ subunits, and by a series of interactions with a bound sulfoquinovosyl diacylglycerol lipid, bring together each monomer creating an S-shaped array of 28 bacteriochlorophylls. The seamless join between the two sets of LH1 bacteriochlorophylls provides a path for excitation energy absorbed by one half of the complex to migrate across the dimer interface to the other half.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Qian, P. / Hunter, C.N.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13590
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: LH1-alpha
AB: LH1-alpha
AC: LH1-alpha
AD: LH1-alpha
AE: LH1-alpha
AF: LH1-alpha
AG: LH1-alpha
AH: LH1-alpha
AI: LH1-alpha
AJ: LH1-alpha
AK: LH1-alpha
AL: LH1-alpha
AM: LH1-alpha
AN: LH1-alpha
BA: LH1-beta
BB: LH1-beta
BC: LH1-beta
BD: LH1-beta
BE: LH1-beta
BF: LH1-beta
BG: LH1-beta
BH: LH1-beta
BI: LH1-beta
BJ: LH1-beta
BK: LH1-beta
BL: LH1-beta
BM: LH1-beta
BN: LH1-beta
H: RC-H
L: RC-L
M: Reaction center protein M chain
UA: PufZ
UB: PufZ
UU: PufY
X: PufX
aa: LH1-alpha
ab: LH1-alpha
ac: LH1-alpha
ad: LH1-alpha
ae: LH1-alpha
af: LH1-alpha
ag: LH1-alpha
ah: LH1-alpha
ai: LH1-alpha
aj: LH1-alpha
ak: LH1-alpha
al: LH1-alpha
am: LH1-alpha
an: LH1-alpha
ba: LH1-beta
bb: LH1-beta
bc: LH1-beta
bd: LH1-beta
be: LH1-beta
bf: LH1-beta
bg: LH1-beta
bh: LH1-beta
bi: LH1-beta
bj: LH1-beta
bk: LH1-beta
bl: LH1-beta
bm: LH1-beta
bn: LH1-beta
h: RC-H
l: RC-L
m: Reaction center protein M chain
ua: PufZ
ub: PufZ
uu: PufY
x: PufX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)676,531212
ポリマ－569,17270
非ポリマー107,359142
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Mass analysis, size exclusion gel filtration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 36分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANaaabacadaeafagahaiajakalamanHh...

#1: タンパク質 ...
LH1-alpha


分子量: 6844.180 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
#3: タンパク質 RC-H


分子量: 26544.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
#4: タンパク質 RC-L


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34398.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q3J1A6
#8: タンパク質 PufX


分子量: 6024.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 34分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNbabbbcbdbebfbgbhbibjbkblbmbnUAUB...

#2: タンパク質・ペプチド ...
LH1-beta


分子量: 5592.361 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
#6: タンパク質・ペプチド
PufZ


分子量: 3517.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
#7: タンパク質・ペプチド PufY


分子量: 5126.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

-
糖 , 1種, 2分子

#17: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 284分子

#9: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物...
ChemComp-SP2 / 3,4-DIHYDROSPHEROIDENE


分子量: 570.930 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H62O
#11: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-CD4 / (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / tetramyristoyl-cardiolipin / テトラミリストイルカルジオリピン


分子量: 1241.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C65H126O17P2
#13: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4
#14: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Light harvesting core complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.8, 0.03% beta-DDM
緩衝液成分濃度: 20 mMol / 式: HEPES
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In 20 mM HEPES, pH 7.8, 0.03% beta-DDM buffer solution
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: QF R1.2/1.3 300 mesh Cu grid

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K
撮影平均露光時間: 12.21 sec. / 電子線照射量: 45.36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5058

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4351精密化
PHENIXdev_4351精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 223786
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58945 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る