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万見
- PDB-7oz3: S. agalactiae BusR in complex with its busA-promotor DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oz3
タイトルS. agalactiae BusR in complex with its busA-promotor DNA
要素
  • GntR family transcriptional regulator
  • pBusA_for
  • pBusA_rev
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Repressor / complex / GntR / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / GntR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Bandera, A.M. / Witte, G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3717/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: BusR senses bipartite DNA binding motifs by a unique molecular ruler architecture.
著者: Adrian M Bandera / Joseph Bartho / Katja Lammens / David Jan Drexler / Jasmin Kleinschwärzer / Karl-Peter Hopfner / Gregor Witte /
要旨: The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with ...The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with proteins such as potassium channels, the second messenger also specifically binds to transcription factors, thereby altering the processes in the cell on the transcriptional level. We here describe the structural and biochemical characterization of BusR from the human pathogen Streptococcus agalactiae. BusR is a member of a yet structurally uncharacterized subfamily of the GntR family of transcription factors that downregulates transcription of the genes for the BusA (OpuA) glycine-betaine transporter upon c-di-AMP binding. We report crystal structures of full-length BusR, its apo and c-di-AMP bound effector domain, as well as cryo-EM structures of BusR bound to its operator DNA. Our structural data, supported by biochemical and biophysical data, reveal that BusR utilizes a unique domain assembly with a tetrameric coiled-coil in between the binding platforms, serving as a molecular ruler to specifically recognize a 22 bp separated bipartite binding motif. Binding of c-di-AMP to BusR induces a shift in equilibrium from an inactivated towards an activated state that allows BusR to bind the target DNA, leading to transcriptional repression.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / em_entity_assembly_naturalsource / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GntR family transcriptional regulator
B: GntR family transcriptional regulator
C: GntR family transcriptional regulator
D: GntR family transcriptional regulator
F: pBusA_rev
G: pBusA_for
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,6448
ポリマ－189,3276
非ポリマー1,3172
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26090 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area49530 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
GntR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / GntR family


分子量: 23880.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: BM110_ORF1201, AX245_01365, C6N10_09995, F5043_05515, GD434_05225, RDF_1124
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0JNC6
#2: DNA鎖 pBusA_rev


分子量: 46903.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
#3: DNA鎖 pBusA_for


分子量: 46903.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: transcriptional repressor BusR bound to target DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.122 MDa
由来(天然)生物種: Streptococcus agalactiae (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: degassed, filtered
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: 0.05% beta-octyl glycoside added prior to plunge freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4RELION3.1.2CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION3.1.2分類
12RELION3.1.2３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112451 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: RCK_C domains were build by rigid body fit of the model 7B5U. The flexible linker between RCK_C domain and coiled-coil domain were build de novo.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
17B5T

7b5t

7B5T11-127
27B5U

7b5u

7B5U2136-200
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 134.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00868547
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.353511955
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07681371
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051203
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.14393257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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