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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ovb | |||||||||
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タイトル | L. pneumophila Type IV Coupling Complex (T4CC) with density for DotY N-terminal and middle domains | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Type IV Coupling Complex / T4CC / Type IV Secretion System / T4SS / Membrane protein complex / Membrane complex / DotY / DotZ / DotL / DotM / DotN / IcmSW / Legionella | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Mace, K. / Meir, A. / Lukoyanova, N. / Waksman, G. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2022 タイトル: Proteins DotY and DotZ modulate the dynamics and localization of the type IVB coupling complex of Legionella pneumophila. 著者: Kevin Macé / Amit Meir / Natalya Lukoyanova / Luying Liu / David Chetrit / Manuela K Hospenthal / Craig R Roy / Gabriel Waksman / 要旨: Legionella pneumophila is an opportunistic pathogen infecting alveolar macrophages and protozoa species. Legionella utilizes a Type IV Secretion System (T4SS) to translocate over 300 effector ...Legionella pneumophila is an opportunistic pathogen infecting alveolar macrophages and protozoa species. Legionella utilizes a Type IV Secretion System (T4SS) to translocate over 300 effector proteins into its host cell. In a recent study, we have isolated and solved the cryo-EM structure of the Type IV Coupling Complex (T4CC), a large cytoplasmic determinant associated with the inner membrane that recruits effector proteins for delivery to the T4SS for translocation. The T4CC is composed of a DotLMNYZ hetero-pentameric core from which the flexible IcmSW module flexibly protrudes. The DotY and DotZ proteins were newly reported members of this complex and their role remained elusive. In this study, we observed the effect of deleting DotY and DotZ on T4CC stability and localization. Furthermore, we found these two proteins are co-dependent, whereby the deletion of DotY resulted in DotZ absence from the coupling complex, and vice versa. Additional cryo-EM data analysis revealed the dynamic movement of the IcmSW module is modified by the DotY/Z proteins. We therefore determined the likely function of DotY and DotZ and revealed their importance on T4CC function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ovb.cif.gz | 260.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ovb.ent.gz | 201.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ovb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 87600.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43858.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 23762.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYB7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 33887.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 遺伝子: lpg1549 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZV91 |
#5: タンパク質 | 分子量: 25550.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 遺伝子: lpg0294 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYR7 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T4CC pentameric core complex with DotY middle domain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183397 / 対称性のタイプ: POINT |