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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7osl | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nonameric EPEC SctV-C | ||||||
要素 | Translocator EscV | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / T3SS / SctV nonamer / export gate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O127:H6 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fahrenkamp, D. / Wald, J. / Yuan, B. / Marlovits, T.C. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structural Dynamics of the Functional Nonameric Type III Translocase Export Gate. 著者: Biao Yuan / Athina G Portaliou / Rinky Parakra / Jochem H Smit / Jiri Wald / Yichen Li / Bindu Srinivasu / Maria S Loos / Harveer Singh Dhupar / Dirk Fahrenkamp / Charalampos G Kalodimos / ...著者: Biao Yuan / Athina G Portaliou / Rinky Parakra / Jochem H Smit / Jiri Wald / Yichen Li / Bindu Srinivasu / Maria S Loos / Harveer Singh Dhupar / Dirk Fahrenkamp / Charalampos G Kalodimos / Franck Duong van Hoa / Thorben Cordes / Spyridoula Karamanou / Thomas C Marlovits / Anastassios Economou / 要旨: Type III protein secretion is widespread in Gram-negative pathogens. It comprises the injectisome with a surface-exposed needle and an inner membrane translocase. The translocase contains the SctRSTU ...Type III protein secretion is widespread in Gram-negative pathogens. It comprises the injectisome with a surface-exposed needle and an inner membrane translocase. The translocase contains the SctRSTU export channel enveloped by the export gate subunit SctV that binds chaperone/exported clients and forms a putative ante-chamber. We probed the assembly, function, structure and dynamics of SctV from enteropathogenic E. coli (EPEC). In both EPEC and E. coli lab strains, SctV forms peripheral oligomeric clusters that are detergent-extracted as homo-nonamers. Membrane-embedded SctV is necessary and sufficient to act as a receptor for different chaperone/exported protein pairs with distinct C-domain binding sites that are essential for secretion. Negative staining electron microscopy revealed that peptidisc-reconstituted His-SctV forms a tripartite particle of ∼22 nm with a N-terminal domain connected by a short linker to a C-domain ring structure with a ∼5 nm-wide inner opening. The isolated C-domain ring was resolved with cryo-EM at 3.1 Å and structurally compared to other SctV homologues. Its four sub-domains undergo a three-stage "pinching" motion. Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry revealed this to involve dynamic and rigid hinges and a hyper-flexible sub-domain that flips out of the ring periphery and binds chaperones on and between adjacent protomers. These motions are coincident with local conformational changes at the pore surface and ring entry mouth that may also be modulated by the ATPase inner stalk. We propose that the intrinsic dynamics of the SctV protomer are modulated by chaperones and the ATPase and could affect allosterically the other subunits of the nonameric ring during secretion. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7osl.cif.gz | 964.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7osl.ent.gz | 820.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7osl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7osl_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7osl_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7osl_validation.xml.gz | 78.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7osl_validation.cif.gz | 118 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37952.457 Da / 分子数: 9 / 変異: no / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) 株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: escV, E2348C_3949 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B7UMA7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EPEC SctV-C nonamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 379.2 kDa/nm / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was mono-disperse. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 41.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3739 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 660798 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105670 / 対称性のタイプ: POINT |