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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ose | ||||||
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タイトル | cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / terminal oxidase / Q-loop / inhibitor binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cell outer membrane / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Grauel, A. / Kaegi, J. / Rasmussen, T. / Wohlwend, D. / Boettcher, B. / Friedrich, T. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D. 著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / ...著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / Bettina Böttcher / Thorsten Friedrich / 要旨: Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of ...Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of which only the bd-I type is structurally characterized. Here, we report the structure of the Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with the bound inhibitor aurachin D as obtained by electron cryo-microscopy at 3 Å resolution. The oxidase consists of subunits AppB, C and X that show an architecture similar to that of bd-I. The three heme cofactors are found in AppC, while AppB is stabilized by a structural ubiquinone-8 at the homologous positions. A fourth subunit present in bd-I is lacking in bd-II. Accordingly, heme b is exposed to the membrane but heme d embedded within the protein and showing an unexpectedly high redox potential is the catalytically active centre. The structure of the Q-loop is fully resolved, revealing the specific aurachin binding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ose.cif.gz | 333.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ose.ent.gz | 269.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ose.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7ose ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7ose | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit ... , 2種, 4分子 ADBE
#1: タンパク質 | 分子量: 57962.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DeltacyoABCD 参照: UniProt: P26459, ubiquinol oxidase (H+-transporting) #2: タンパク質 | 分子量: 42448.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 遺伝子: appB, cbdB, cyxB, b0979, JW0961 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DeltacyoABCD 参照: UniProt: P26458, ubiquinol oxidase (H+-transporting) |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3599.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: appX, yccB, b4592, JW0961.1, b0979.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DeltacyoABCD / 参照: UniProt: P24244 |
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-非ポリマー , 5種, 12分子
#4: 化合物 | ChemComp-HEB / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase / タイプ: COMPLEX 詳細: dimer of heterotrimers solubilised in amphipol A8-35 in complex with the inhibitor Aurachin D Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.208 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 45 sec incubation, 6.5 sec blotting |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 75 sec. / 電子線照射量: 79 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1836 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 800000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125497 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 94 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6RX4 Accession code: 6RX4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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