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万見
- PDB-7ogr: Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogr
タイトルStructure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
要素
  • DNA-directed RNA polymerase
  • PHIKZ055
  • PHIKZ068
  • PHIKZ074
  • PHIKZ123
  • UNK helices
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / PhiKZ / non-virion
機能・相同性PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者de Martin Garrido, N. / Lai Wan Loong, Y.T.E. / Yakunina, M. / Aylett, C.H.S.
資金援助 英国, ロシア, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust206212/Z/17/Z 英国
Russian Science Foundation19-74-10030 ロシア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structure of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase.
著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H ...著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina /
要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, intrinsically antibiotic resistant, pathogen that kills tens of thousands worldwide each year. ΦKZ is an incredibly interesting virus, expressing many systems that the host already possesses. On infection, it forms a 'nucleus', erecting a barrier around its genome to exclude host endonucleases and CRISPR-Cas systems. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus. It expresses two different multi-subunit RNA polymerases (RNAPs): the virion RNAP (vRNAP) is injected with the viral DNA during infection to transcribe early genes, including those encoding the non-virion RNAP (nvRNAP), which transcribes all further genes. ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides thought to represent homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth with unclear homology, but essential for transcription. We have resolved the structure of ΦKZ nvRNAP to better than 3.0 Å, shedding light on its assembly, homology, and the biological role of the fifth subunit: it is an embedded, integral member of the complex, the position, structural homology and biochemical role of which imply that it has evolved from an ancestral homologue to σ-factor.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_imaging / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12886
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: UNK helices
A: PHIKZ055
B: PHIKZ068
C: DNA-directed RNA polymerase
D: PHIKZ074
E: PHIKZ123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,4567
ポリマ－339,3916
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#2: タンパク質 PHIKZ055


分子量: 57976.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SDA7
#3: タンパク質 PHIKZ068


分子量: 59419.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD94
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase


分子量: 78780.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 PHIKZ074


分子量: 77513.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD88
#6: タンパク質 PHIKZ123


分子量: 62959.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SD39

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 X

#1: タンパク質・ペプチド UNK helices


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymeraseCOMPLEXExpressed in E.coli from sequences obtained from the St. Petersburg lab strain of bacteriophage PhiKZ#1-#60RECOMBINANT
2Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymeraseCOMPLEXExpressed in E.coli from sequences obtained from the St. Petersburg lab strain of bacteriophage PhiKZ#1, #3, #5-#61RECOMBINANT
3Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymeraseCOMPLEXPHIKZ055,Non-virion DNA-dependent RNA polymerase subunit beta#21RECOMBINANT
4Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymeraseCOMPLEXPHIKZ071,DNA-directed RNA polymerase#41RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス)169683St. Petersburg
23Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス)169683
34Pseudomonas phage PA7 (ファージ)347330
43Pseudomonas phage fnug (ファージ)2719836
54Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス)169683
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
詳細: 15 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: 1-2 s blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 48000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10582 / 詳細: TIFF movie mode
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 70 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5096 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
画像処理詳細: Motion correction and dose-weighting in motioncor2
CTF補正詳細: During reconstruction in RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3179799
詳細: EMAN BATCHBOXER with low-pass butterworth preprocessing
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 855016 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: RELION 3.0 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
詳細: Core conserved regions initially identified from comparison with PDB 6EDT - remainder built de novo
原子モデル構築PDB-ID: 6EDT

6edt


Accession code: 6EDT / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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