PDB-5zn6: Crystal structure of GH31 alpha-xylosidase from a soil metagenome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zn6

タイトル

Crystal structure of GH31 alpha-xylosidase from a soil metagenome

要素

Alpha-xylosidase MeXyl31

キーワード

HYDROLASE / Hydolase

生物種

soil metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Matsuzawa, T. / Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Yaoi, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insight into substrate specificity of alpha-xylosidase from a soil metagenome
著者: Matsuzawa, T. / Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Yaoi, K.

履歴

登録	2018年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zn6.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zn6.ent.gz	929.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5zn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5zn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zn7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zn7-1 5zn7-2 6rr7-d 3wez-d 3wf0-d 4909 3wf4-d 3thd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-xylosidase MeXyl31

B: Alpha-xylosidase MeXyl31

C: Alpha-xylosidase MeXyl31

D: Alpha-xylosidase MeXyl31

E: Alpha-xylosidase MeXyl31

F: Alpha-xylosidase MeXyl31

H: Alpha-xylosidase MeXyl31

G: Alpha-xylosidase MeXyl31

ヘテロ分子

632 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-xylosidase MeXyl31

B: Alpha-xylosidase MeXyl31

C: Alpha-xylosidase MeXyl31

G: Alpha-xylosidase MeXyl31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
316 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Alpha-xylosidase MeXyl31

E: Alpha-xylosidase MeXyl31

F: Alpha-xylosidase MeXyl31

H: Alpha-xylosidase MeXyl31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
315 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.146, 124.174, 177.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-xylosidase MeXyl31 分子量: 78373.375 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) soil metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.6 M lithium sulfate, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 561527 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 23616 / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.894 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.11

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19497	27623	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17423	-	-	-
obs	0.17525	533902	91.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43498	0	312	3729	47539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	45068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	40176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.939	61168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	93132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.373	5	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.6	23.959	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.457	15	7153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.875	15	313
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	6290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	50636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	9885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.721	1.664	21716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.721	1.663	21715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.228	2.491	27145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.228	2.492	27146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.951	1.758	23352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.951	1.758	23352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.565	2.591	34024
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.167	19.403	52245
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.936	19.086	51404
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	1869	-
R_work	0.296	32993	-
obs	-	-	76.74 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)