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- PDB-7nik: 1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8189 core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nik
タイトル1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8189 core
要素
  • Nanobody8189 core
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / RNA polymerase / H1N1 / 1918 / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm ...IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / LysM domain ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / LysM domain / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / YSIRK type signal peptide / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / YSIRK Gram-positive signal peptide / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Immunoglobulin G-binding protein A / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Camelidae mixed library (哺乳類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Keown, J.R. / Carrique, L. / Fodor, E. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12361
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
E: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
F: Nanobody8189 core


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,9766
ポリマ－295,9766
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area36730 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area61690 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82707.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3HM39, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86625.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3HM40, RNA-directed RNA polymerase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 ED

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')


分子量: 5335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4862.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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抗体 , 2種, 2分子 CF

#3: 抗体 Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA


分子量: 102377.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PB2, spa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3HM41, UniProt: P38507
#6: 抗体 Nanobody8189 core


分子量: 14069.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
11918 Influenza virus polymerase heterotrimer in complex with vRNA promoters and Nb8189COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2polymerase heterotrimerCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#4-#51SYNTHETIC
4Nb8189COMPLEX#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)88776
33Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)88776
24Camelidae mixed library (哺乳類)1579311
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33synthetic construct (人工物)32630
24Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1166 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMsodium thiocynateNaSCN1
320 mMHepesHEPES-Na1
40.005 %Tween20Tween-201
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.19モデルフィッティング
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 372000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53970 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7HNA

7hna


Accession code: 7HNA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 91.75 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004213609
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.663918469
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04352034
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00562297
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.60015261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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