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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n9r | ||||||
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タイトル | state 4 of TcdB and FZD2 at pH5 | ||||||
要素 | Toxin B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TOXIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, M. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification 著者: Jiang, M. / Zhang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n9r.cif.gz | 281.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n9r.ent.gz | 148.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n9r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n9r_validation.pdf.gz | 579.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n9r_full_validation.pdf.gz | 580.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7n9r_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n9r_validation.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n9r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 269938.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: tcdB, toxB 発現宿主: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: State 4 of TcdB and FZD2 at pH5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73441 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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