+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mew | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. coli MsbA in complex with G247 | ||||||
要素 | ATP-dependent lipid A-core flippase | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Thelot, F. / Liao, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Distinct allosteric mechanisms of first-generation MsbA inhibitors. 著者: François A Thélot / Wenyi Zhang / KangKang Song / Chen Xu / Jing Huang / Maofu Liao / 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their ...ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their mechanisms of modulation by small-molecule inhibitors remain largely unknown. Two first-generation inhibitors of the MsbA transporter, tetrahydrobenzothiophene 1 (TBT1) and G247, induce opposite effects on ATP hydrolysis. Using single-particle cryo–electron microscopy and functional assays, we show that TBT1 and G247 bind adjacent yet separate pockets in the MsbA transmembrane domains. Two TBT1 molecules asymmetrically occupy the substrate-binding site, which leads to a collapsed inward-facing conformation with decreased distance between the nucleotide-binding domains (NBDs). By contrast, two G247 molecules symmetrically increase NBD distance in a wide inward-open state of MsbA. The divergent mechanisms of action of these MsbA inhibitors provide important insights into ABC transporter pharmacology. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mew.cif.gz | 187 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7mew.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mew_validation.pdf.gz | 914.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7mew_full_validation.pdf.gz | 925.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mew_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mew_validation.cif.gz | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mew | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 23805MC 7metC 7ritC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10799 (タイトル: E. coli MsbA in nanodiscs in complex with G247 Data size: 442.5 Data #1: Motion-corrected micrographs of E. coli MsbA in nanodiscs complex with G247 - Krios Data [micrographs - single frame] Data #2: Motion-corrected micrographs of E. coli MsbA in nanodiscs complex with G247 - Polara Data [micrographs - single frame]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67310.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌) 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: msbA, ECBD_2681 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A140NBS6, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli MsbA in complex with G247 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 349674 / 対称性のタイプ: POINT |