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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mbm | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN/DNA / MLL1-NCP / H3K4 methylation / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / T-helper 2 cell differentiation / MLL3/4 complex / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity ...protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / T-helper 2 cell differentiation / MLL3/4 complex / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / definitive hemopoiesis / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / embryonic hemopoiesis / Cardiogenesis / anterior/posterior pattern specification / exploration behavior / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / hemopoiesis / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / membrane depolarization / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / negative regulation of fibroblast proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of gluconeogenesis / spleen development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / post-embryonic development / skeletal system development / gluconeogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lysine-acetylated histone binding / circadian regulation of gene expression / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / protein modification process / euchromatin / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / beta-catenin binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / fibroblast proliferation / protein-containing complex assembly / methylation / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Park, S.H. / Ayoub, A. / Lee, Y.T. / Dou, Y. / Cho, U. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Regulation of MLL1 Methyltransferase Activity in Two Distinct Nucleosome Binding Modes. 著者: Alex Ayoub / Sang Ho Park / Young-Tae Lee / Uhn-Soo Cho / Yali Dou / 要旨: Cryo-EM structures of the KMT2A/MLL1 core complex bound on nucleosome core particles (NCPs) suggest unusual rotational dynamics of the MLL1 complex approaching its physiological substrate. However, ...Cryo-EM structures of the KMT2A/MLL1 core complex bound on nucleosome core particles (NCPs) suggest unusual rotational dynamics of the MLL1 complex approaching its physiological substrate. However, the functional implication of such dynamics remains unclear. Here, we show that the MLL1 core complex also shows high rotational dynamics bound on the NCP carrying the catalytically inert histone H3 lysine 4 to methionine (K4M) mutation. There are two major binding modes of the MLL1 complex on the NCP. Importantly, disruption of only one of the binding modes compromised the overall MLL1 activity in an NCP-specific manner. We propose that the MLL1 core complex probably exists in an equilibrium of poised and active binding modes. The high rotational dynamics of the MLL1 complex on the NCP is a feature that can be exploited for loci-specific regulation of H3K4 methylation in higher eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 7mbm.cif.gz | 536.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mbm.ent.gz | 392.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mbm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mbm_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mbm_full_validation.pdf.gz | 483.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mbm_validation.xml.gz | 45.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mbm_validation.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 12分子 ABCDGKHLIMJN
#1: タンパク質 | 分子量: 59179.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15291 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 34390.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964 | ||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 24141.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q03164, [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase | ||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 60244.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH2L, ASH2L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBL3 | ||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 15437.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 #6: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #7: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, h2ac14, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #8: タンパク質 | 分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#9: DNA鎖 | 分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#10: DNA鎖 | 分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 53.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 粒子像の数: 30322 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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