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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ly9 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CAP256 / V1V2 / V2-Apex / SOSIP / Vaccine / TYS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Extended antibody-framework-to-antigen distance observed exclusively with broad HIV-1-neutralizing antibodies recognizing glycan-dense surfaces. 著者: Myungjin Lee / Anita Changela / Jason Gorman / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Cara W Chao / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Susan Zolla-Pazner / ...著者: Myungjin Lee / Anita Changela / Jason Gorman / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Cara W Chao / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Susan Zolla-Pazner / Lawrence Shapiro / Gwo-Yu Chuang / Peter D Kwong / 要旨: Antibody-Framework-to-Antigen Distance (AFAD) - the distance between the body of an antibody and a protein antigen - is an important parameter governing antibody recognition. Here, we quantify AFAD ...Antibody-Framework-to-Antigen Distance (AFAD) - the distance between the body of an antibody and a protein antigen - is an important parameter governing antibody recognition. Here, we quantify AFAD for ~2,000 non-redundant antibody-protein-antigen complexes in the Protein Data Bank. AFADs showed a gaussian distribution with mean of 16.3 Å and standard deviation (σ) of 2.4 Å. Notably, antibody-antigen complexes with extended AFADs (>3σ) were exclusively human immunodeficiency virus-type 1 (HIV-1)-neutralizing antibodies. High correlation (R = 0.8110) was observed between AFADs and glycan coverage, as assessed by molecular dynamics simulations of the HIV-1-envelope trimer. Especially long AFADs were observed for antibodies targeting the glycosylated trimer apex, and we tested the impact of introducing an apex-glycan hole (N160K); the cryo-EM structure of the glycan hole-targeting HIV-1-neutralizing antibody 2909 in complex with an N160K-envelope trimer revealed a substantially shorter AFAD. Overall, extended AFADs exclusively recognized densely glycosylated surfaces, with the introduction of a glycan hole enabling closer recognition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ly9.cif.gz | 504.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ly9.ent.gz | 402.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ly9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ly9_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ly9_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ly9_validation.xml.gz | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ly9_validation.cif.gz | 117.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 GDKFJN
#3: タンパク質 | 分子量: 53337.512 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 29-486 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0N9FF17 #6: タンパク質 | 分子量: 17355.703 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 498-651 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0N9FF17 |
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-タンパク質 , 2種, 6分子 BEACIM
#4: タンパク質 | 分子量: 24656.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: タンパク質 | 分子量: 23022.658 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 22582.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 25067.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 5種, 66分子
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 式: PBS |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: PBS |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 66.88 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35406 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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