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万見
- PDB-7lj3: Structure of human transfer RNA visualized in the cytomegalovirus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lj3
タイトルStructure of human transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
要素
  • RNA (75-MER)
  • Tegument protein pp150
キーワードVIRUS / HCMV / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell viral assembly compartment / viral tegument / host cell cytoplasmic vesicle / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Large structural phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, Y.T. / Strugatsky, D. / Liu, W. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583/DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 and DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of human cytomegalovirus virion reveals host tRNA binding to capsid-associated tegument protein pp150.
著者: Yun-Tao Liu / David Strugatsky / Wei Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. ...Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. Here, we report sub-particle cryoEM reconstructions of HCMV virions at 2.9 Å resolution revealing structures resembling non-coding transfer RNAs (tRNAs) associated with the virion's capsid-bound tegument protein, pp150. Through deep sequencing, we show that these RNA sequences match human tRNAs, and we built atomic models using the most abundant tRNA species. Based on our models, tRNA recruitment is mediated by the electrostatic interactions between tRNA phosphate groups and the helix-loop-helix motif of HCMV pp150. The specificity of these interactions may explain the absence of such tRNA densities in murine cytomegalovirus and other human herpesviruses.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23388
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23388
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
z: Tegument protein pp150
0: Tegument protein pp150
y: Tegument protein pp150
5: Tegument protein pp150
6: Tegument protein pp150
4: Tegument protein pp150
8: Tegument protein pp150
9: Tegument protein pp150
7: Tegument protein pp150
A: RNA (75-MER)
B: RNA (75-MER)
C: RNA (75-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,32312
ポリマ－371,32312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area11050 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area169650 Å2

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要素

#1: タンパク質
Tegument protein pp150 / 150 kDa matrix phosphoprotein / 150 kDa phosphoprotein / pp150 / Basic phosphoprotein / BPP / ...150 kDa matrix phosphoprotein / 150 kDa phosphoprotein / pp150 / Basic phosphoprotein / BPP / Phosphoprotein UL32 / Tegument protein UL32


分子量: 33232.418 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: P08318
#2: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24077.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: M31637

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virusCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Tegument protein pp150VIRUS#11NATURAL
3RNACOMPLEX#21NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)10360
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43666 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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