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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lck | ||||||||||||||||||
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タイトル | PF 06882961 bound to the glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) | ||||||||||||||||||
要素 | Glucagon-like peptide 1 receptor | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GPCR / small molecule agonist | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Belousoff, M.J. / Johnson, R.M. / Drulyte, I. / Yu, L. / Kotecha, A. / Danev, R. / Wootten, D. / Zhang, X. / Sexton, P.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Evolving cryo-EM structural approaches for GPCR drug discovery. 著者: Xin Zhang / Rachel M Johnson / Ieva Drulyte / Lingbo Yu / Abhay Kotecha / Radostin Danev / Denise Wootten / Patrick M Sexton / Matthew J Belousoff / 要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest class of cell surface drug targets. Advances in stabilization of GPCR:transducer complexes, together with improvements in cryoelectron microscopy ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest class of cell surface drug targets. Advances in stabilization of GPCR:transducer complexes, together with improvements in cryoelectron microscopy (cryo-EM) have recently been applied to structure-assisted drug design for GPCR agonists. Nonetheless, limitations in the commercial application of these approaches, including the use of nanobody 35 (Nb35) to aid complex stabilization and the high cost of 300 kV imaging, have restricted broad application of cryo-EM in drug discovery. Here, using the PF 06882961-bound GLP-1R as exemplar, we validated the formation of stable complexes with a modified Gs protein in the absence of Nb35. In parallel, we compare 200 versus 300 kV image acquisition using a Falcon 4 or K3 direct electron detector. Moreover, the 200 kV Glacios-Falcon 4 yielded a 3.2 Å map with clear density for bound drug and multiple structurally ordered waters. Our work paves the way for broader commercial application of cryo-EM for GPCR drug discovery. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lck.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lck.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lck_validation.pdf.gz | 953.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lck_full_validation.pdf.gz | 956.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lck_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lck_validation.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56748.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43220 |
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#2: 化合物 | ChemComp-UK4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GLP-1:Gs complex with small molecule agonist (PF-06882961) bound タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 632000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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