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万見
- PDB-7lbg: CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbg
タイトルCryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with human Transforming growth factor beta receptor type 3 and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 3
  • Fab 13H11 heavy chain
  • Fab 13H11 light chain
  • Fab MSL-109 heavy chain
  • Fab MSL-109 light chain
  • Transforming growth factor beta receptor type 3
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / virus / receptor / complex / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to luteinizing hormone / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / transforming growth factor beta receptor activity, type III / inhibin-betaglycan-ActRII complex / TGFBR3 regulates activin signaling / response to follicle-stimulating hormone / muscular septum morphogenesis / definitive erythrocyte differentiation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling ...response to luteinizing hormone / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / transforming growth factor beta receptor activity, type III / inhibin-betaglycan-ActRII complex / TGFBR3 regulates activin signaling / response to follicle-stimulating hormone / muscular septum morphogenesis / definitive erythrocyte differentiation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / BMP binding / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity / TGFBR3 PTM regulation / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / secondary palate development / ventricular compact myocardium morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / cardiac epithelial to mesenchymal transition / transforming growth factor beta receptor binding / type II transforming growth factor beta receptor binding / activin binding / FGFR1b ligand binding and activation / heart trabecula morphogenesis / FGFR1c ligand binding and activation / Signaling by BMP / Signaling by Activin / glycosaminoglycan binding / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / transforming growth factor beta binding / TGFBR3 expression / negative regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / outflow tract morphogenesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / animal organ regeneration / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / heart morphogenesis / coreceptor activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / response to prostaglandin E / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / PDZ domain binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / HCMV Early Events / negative regulation of epithelial cell proliferation / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / heparin binding / basolateral plasma membrane / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / response to hypoxia / receptor complex / intracellular signal transduction / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / viral envelope / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain ...Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / : / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Transforming growth factor beta receptor type 3 / Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein O
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kschonsak, M. / Rouge, L. / Arthur, C.P. / Hoangdung, H. / Patel, N. / Kim, I. / Johnson, M. / Kraft, E. / Rohou, A.L. / Gill, A. ...Kschonsak, M. / Rouge, L. / Arthur, C.P. / Hoangdung, H. / Patel, N. / Kim, I. / Johnson, M. / Kraft, E. / Rohou, A.L. / Gill, A. / Martinez-Martin, N. / Payandeh, J. / Ciferri, C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structures of HCMV Trimer reveal the basis for receptor recognition and cell entry.
著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / ...著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind ...Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind to platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRα) and transforming growth factor beta receptor 3 (TGFβR3) to gain entry into multiple cell types. This complex is targeted by potent neutralizing antibodies and represents an important candidate for therapeutics against HCMV. Here, we determine three cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the trimer and the details of its interactions with four binding partners: the receptor proteins PDGFRα and TGFβR3 as well as two broadly neutralizing antibodies. Trimer binding to PDGFRα and TGFβR3 is mutually exclusive, suggesting that they function as independent entry receptors. In addition, Trimer-PDGFRα interaction has an inhibitory effect on PDGFRα signaling. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, neutralization, and the development of anti-viral strategies against HCMV.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23254
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23254
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein O
D: Transforming growth factor beta receptor type 3
E: Fab 13H11 light chain
F: Fab 13H11 heavy chain
G: Fab MSL-109 light chain
H: Fab MSL-109 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,52227
ポリマ－372,1028
非ポリマー5,42019
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted as monodispersed peak
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 87311.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: gH, UL75 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6SW67
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: gL, UL115 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HCH8
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein O / UL74 / UL74 protein


分子量: 58298.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL74 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BCU3

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Transforming growth factor beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF-beta receptor type III


分子量: 87362.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03167

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抗体 , 4種, 4分子 EFGH

#5: 抗体 Fab 13H11 light chain


分子量: 25780.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 抗体 Fab 13H11 heavy chain


分子量: 26600.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 Fab MSL-109 light chain


分子量: 28355.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: 抗体 Fab MSL-109 heavy chain


分子量: 27547.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 3種, 19分子

#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C7N1O4>]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HCMV Trimer gHgLgO bound to human receptor TGFbR3 and neutralizing fabs 13H11 and MSL-109COMPLEX#1-#80MULTIPLE SOURCES
2HCMV Trimer gHgLgOCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3neutralizing fabs 13H11 and MSL-109COMPLEX#4-#81RECOMBINANT
分子量値: 0.36 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Homo sapiens (ヒト)9606
32Human cytomegalovirus HHV-5 (ヘルペスウイルス)10359
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Escherichia coli (大腸菌)562
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.3 Msodium chlorideNaCl1
20.025 MHEPES1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19993 / 詳細: Images were collected in 50 frames every 0.2 s
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.56粒子像選択
2SerialEM3.7.11画像取得
4CTFFINDCTF補正4.1.13
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8Coot0.8.9モデルフィッティング
10PHENIX1.19モデル精密化
11ISOLDE1.1.0モデル精密化
12cisTEM1.02初期オイラー角割当
13cisTEM1.02最終オイラー角割当
14RELION3.1分類
15cisTEM1.02３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2780519
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2737199
詳細: Used a score threshold of 0.25 for final 3D reconstruction. Map used for model refinements is a composite map after combining 2 focussed maps with PHENIX
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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