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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kuy | ||||||
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タイトル | Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, strychnine bound state | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / glycine receptor / alpha2-beta hetero-pentamer / strychnine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / acrosome reaction / synaptic transmission, glycinergic / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / postsynaptic specialization / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycinergic synapse ...glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / acrosome reaction / synaptic transmission, glycinergic / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / postsynaptic specialization / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycinergic synapse / adult walking behavior / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / startle response / neuropeptide signaling pathway / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / visual perception / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, H. / Wang, W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2021 タイトル: Characterization of the subunit composition and structure of adult human glycine receptors. 著者: Hailong Yu / Xiao-Chen Bai / Weiwei Wang / 要旨: The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they ...The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they contain the β subunit that permits clustering at the synapse through its interaction with scaffolding proteins. Here, we show that α2 and β subunits assemble with an unexpected 4:1 stoichiometry to produce GlyR with native electrophysiological properties. We determined structures in multiple functional states at 3.6-3.8 Å resolutions and show how 4:1 stoichiometry is consistent with the structural features of α2β GlyR. Furthermore, we show that one single β subunit in each GlyR gives rise to the characteristic electrophysiological properties of heteromeric GlyR, while more β subunits render GlyR non-conductive. A single β subunit ensures a univalent GlyR-scaffold linkage, which means the scaffold alone regulates the cluster properties. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kuy.cif.gz | 310.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kuy.ent.gz | 256.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kuy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kuy_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kuy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kuy_validation.xml.gz | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kuy_validation.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41676.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23416 #2: タンパク質 | | 分子量: 78765.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GLRB, GFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48167, UniProt: P42212 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-SY9 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.257 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3200 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4111 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 472972 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44965 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JAD |