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万見
- PDB-7kuy: Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kuy
タイトルCyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, strychnine bound state
要素
  • Glycine receptor subunit alpha-2
  • Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / glycine receptor / alpha2-beta hetero-pentamer / strychnine
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / postsynaptic specialization / acrosome reaction / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic ...glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / postsynaptic specialization / acrosome reaction / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / glycinergic synapse / cellular response to ethanol / adult walking behavior / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / startle response / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / neuropeptide signaling pathway / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / visual perception / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycine receptor alpha2 / : / : / Glycine receptor beta / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region ...Glycine receptor alpha2 / : / : / Glycine receptor beta / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
STRYCHNINE / Glycine receptor subunit alpha-2 / Green fluorescent protein / Glycine receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yu, H. / Wang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationI-2020-20190330 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2021
タイトル: Characterization of the subunit composition and structure of adult human glycine receptors.
著者: Hailong Yu / Xiao-Chen Bai / Weiwei Wang /
要旨: The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they ...The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they contain the β subunit that permits clustering at the synapse through its interaction with scaffolding proteins. Here, we show that α2 and β subunits assemble with an unexpected 4:1 stoichiometry to produce GlyR with native electrophysiological properties. We determined structures in multiple functional states at 3.6-3.8 Å resolutions and show how 4:1 stoichiometry is consistent with the structural features of α2β GlyR. Furthermore, we show that one single β subunit in each GlyR gives rise to the characteristic electrophysiological properties of heteromeric GlyR, while more β subunits render GlyR non-conductive. A single β subunit ensures a univalent GlyR-scaffold linkage, which means the scaffold alone regulates the cluster properties.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine receptor subunit alpha-2
B: Glycine receptor subunit alpha-2
C: Glycine receptor subunit alpha-2
D: Glycine receptor subunit alpha-2
E: Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,13219
ポリマ－245,4695
非ポリマー3,66314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area28470 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area66450 Å2

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要素

#1: タンパク質
Glycine receptor subunit alpha-2


分子量: 41676.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23416
#2: タンパク質 Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera / Glycine receptor 58 kDa subunit


分子量: 78765.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GLRB, GFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48167, UniProt: P42212
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SY9 / STRYCHNINE / ストリキニン


分子量: 334.412 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Glycine receptor alpha2-beta heteromer with strychnineCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Glycine receptor subunit alpha-2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimeraCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.257 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
43Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris1
2200 mMNaCl1
31 mMStrychnine1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4111
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 472972
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44965 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3JAD

3jad

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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