+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23041 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, strychnine bound state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / 先体反応 / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / postsynaptic specialization / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic ...glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / 先体反応 / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / postsynaptic specialization / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / glycinergic synapse / cellular response to ethanol / adult walking behavior / cellular response to zinc ion / glycine binding / startle response / chloride channel complex / neuropeptide signaling pathway / GABA-ergic synapse / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / 視覚 / monoatomic ion transmembrane transport / 生物発光 / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / シナプス / protein-containing complex binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu H / Wang W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2021 タイトル: Characterization of the subunit composition and structure of adult human glycine receptors. 著者: Hailong Yu / Xiao-Chen Bai / Weiwei Wang / 要旨: The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they ...The strychnine-sensitive pentameric glycine receptor (GlyR) mediates fast inhibitory neurotransmission in the mammalian nervous system. Only heteromeric GlyRs mediate synaptic transmission, as they contain the β subunit that permits clustering at the synapse through its interaction with scaffolding proteins. Here, we show that α2 and β subunits assemble with an unexpected 4:1 stoichiometry to produce GlyR with native electrophysiological properties. We determined structures in multiple functional states at 3.6-3.8 Å resolutions and show how 4:1 stoichiometry is consistent with the structural features of α2β GlyR. Furthermore, we show that one single β subunit in each GlyR gives rise to the characteristic electrophysiological properties of heteromeric GlyR, while more β subunits render GlyR non-conductive. A single β subunit ensures a univalent GlyR-scaffold linkage, which means the scaffold alone regulates the cluster properties. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23041.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-23041-v30.xml emd-23041.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23041.png | 189.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23041 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Glycine receptor alpha2-beta heteromer with strychnine
全体 | 名称: Glycine receptor alpha2-beta heteromer with strychnine |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Glycine receptor alpha2-beta heteromer with strychnine
超分子 | 名称: Glycine receptor alpha2-beta heteromer with strychnine タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 257 KDa |
-超分子 #2: Glycine receptor subunit alpha-2
超分子 | 名称: Glycine receptor subunit alpha-2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera
超分子 | 名称: Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Glycine receptor subunit alpha-2
分子 | 名称: Glycine receptor subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.676004 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: KDHDSRSGKQ PSQTLSPSDF LDKLMGRTSG YDARIRPNFK GPPVNVTCNI FINSFGSVTE TTMDYRVNIF LRQQWNDSRL AYSEYPDDS LDLDPSMLDS IWKPDLFFAN EKGANFHDVT TDNKLLRISK NGKVLYSIRL TLTLSCPMDL KNFPMDVQTC T MQLESFGY ...文字列: KDHDSRSGKQ PSQTLSPSDF LDKLMGRTSG YDARIRPNFK GPPVNVTCNI FINSFGSVTE TTMDYRVNIF LRQQWNDSRL AYSEYPDDS LDLDPSMLDS IWKPDLFFAN EKGANFHDVT TDNKLLRISK NGKVLYSIRL TLTLSCPMDL KNFPMDVQTC T MQLESFGY TMNDLIFEWL SDGPVQVAEG LTLPQFILKE EKELGYCTKH YNTGKFTCIE VKFHLERQMG YYLIQMYIPS LL IVILSWV SFWINMDAAP ARVALGITTV LTMTTQSSGS RASLPKVSYV KAIDIWMAVC LLFVFAALLE YAAVNFVSRG SSG KKFVDR AKRIDTISRA AFPLAFLIFN IFYWITYKII RHEDVHKK |
-分子 #2: Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera
分子 | 名称: Glycine receptor subunit beta, Green fluorescent protein chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 78.765086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GVAMPGAEDD VVAALEVLFQ GPKSSKKGKG KKKQYLCPSQ QSAEDLARVP ANSTSNILNR LLVSYDPRIR PNFKGIPVDV VVNIFINSF GSIQETTMDY RVNIFLRQKW NDPRLKLPSD FRGSDALTVD PTMYKCLWKP DLFFANEKSA NFHDVTQENI L LFIFRDGD ...文字列: GVAMPGAEDD VVAALEVLFQ GPKSSKKGKG KKKQYLCPSQ QSAEDLARVP ANSTSNILNR LLVSYDPRIR PNFKGIPVDV VVNIFINSF GSIQETTMDY RVNIFLRQKW NDPRLKLPSD FRGSDALTVD PTMYKCLWKP DLFFANEKSA NFHDVTQENI L LFIFRDGD VLVSMRLSIT LSCPLDLTLF PMDTQRCKMQ LESFGYTTDD LRFIWQSGDP VQLEKIALPQ FDIKKEDIEY GN CTKYYKG TGYYTCVEVI FTLRRQVGFY MMGVYAPTLL IVVLSWLSFW INPDASAARV PLGIFSVLSL ASECTTLAAE LPK VSYVKA LDVWLIACLL FGFASLVEYA VVQVMLNGGS SAAAVSKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD ATYG KLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKQHDFFK SAMPEGYVQE RTIFFKDDGN YKTRAEVKFE GDTLV NRIE LKGIDFKEDG NILGHKLEYN YNSHNVYIMA DKQKNGIKVN FKIRHNIEDG SVQLADHYQQ NTPIGDGPVL LPDNHY LST QSKLSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGITLGM DELYKSGSGS GVGETRCKKV CTSKSDLRSN DFSIVGSLPR DFELSNY DC YGKPIEVNNG LGKSQAKNNK KPPPAKPVIP TAAKRIDLYA RALFPFCFLF FNVIYWSIYL |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: STRYCHNINE
分子 | 名称: STRYCHNINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: SY9 |
---|---|
分子量 | 理論値: 334.412 Da |
Chemical component information | ChemComp-SY9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4111 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 472972 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 44965 |