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万見
- PDB-7kha: Cryo-EM Structure of the Desulfovibrio vulgaris Type I-C Apo Cascade -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kha
タイトルCryo-EM Structure of the Desulfovibrio vulgaris Type I-C Apo Cascade
要素
  • (CRISPR-associated protein, CT1133 family) x 2
  • CRISPR-associated protein, CT1134 family
  • CRISPR-associated protein, TM1801 family
  • RNA (45-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / Cascade / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csd2 / CRISPR-associated protein Cas7, subtype I-B/I-C / CRISPR-associated protein Cas7 / CRISPR-associated protein, Csd1-type / CRISPR-associated protein (Cas_Csd1) / CRISPR pre-crRNA endoribonuclease Cas5d / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated protein, TM1801 family / CRISPR-associated protein, CT1133 family / pre-crRNA processing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者O'Brien, R. / Wrapp, D. / Bravo, J.P.K. / Schwartz, E. / Taylor, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch FoundationF-1938 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for assembly of non-canonical small subunits into type I-C Cascade.
著者: Roisin E O'Brien / Inês C Santos / Daniel Wrapp / Jack P K Bravo / Evan A Schwartz / Jennifer S Brodbelt / David W Taylor /
要旨: Bacteria and archaea employ CRISPR (clustered, regularly, interspaced, short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems as a type of adaptive immunity to target and degrade foreign nucleic ...Bacteria and archaea employ CRISPR (clustered, regularly, interspaced, short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems as a type of adaptive immunity to target and degrade foreign nucleic acids. While a myriad of CRISPR-Cas systems have been identified to date, type I-C is one of the most commonly found subtypes in nature. Interestingly, the type I-C system employs a minimal Cascade effector complex, which encodes only three unique subunits in its operon. Here, we present a 3.1 Å resolution cryo-EM structure of the Desulfovibrio vulgaris type I-C Cascade, revealing the molecular mechanisms that underlie RNA-directed complex assembly. We demonstrate how this minimal Cascade utilizes previously overlooked, non-canonical small subunits to stabilize R-loop formation. Furthermore, we describe putative PAM and Cas3 binding sites. These findings provide the structural basis for harnessing the type I-C Cascade as a genome-engineering tool.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22876
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, CT1134 family
B: CRISPR-associated protein, TM1801 family
C: CRISPR-associated protein, TM1801 family
D: CRISPR-associated protein, TM1801 family
E: CRISPR-associated protein, TM1801 family
F: CRISPR-associated protein, TM1801 family
G: CRISPR-associated protein, TM1801 family
H: CRISPR-associated protein, TM1801 family
I: CRISPR-associated protein, CT1133 family
K: CRISPR-associated protein, CT1133 family
L: CRISPR-associated protein, CT1133 family
J: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,56812
ポリマ－353,56812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, CT1134 family


分子量: 25250.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVUA0130
プラスミド: D. vulgaris Cascade/I-C (Cas5c-Cas8c-Cas7)/pHMGWA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q72WF9
#2: タンパク質
CRISPR-associated protein, TM1801 family


分子量: 32358.912 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVUA0132
プラスミド: D. vulgaris Cascade/I-C (Cas5c-Cas8c-Cas7)/pHMGWA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q72WF7
#3: タンパク質 CRISPR-associated protein, CT1133 family


分子量: 59310.883 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 80-612 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVUA0131
プラスミド: D. vulgaris Cascade/I-C (Cas5c-Cas8c-Cas7)/pHMGWA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q72WF8
#4: タンパク質 CRISPR-associated protein, CT1133 family


分子量: 14017.981 Da / 分子数: 2 / Fragment: Cas8c C-terminal domain (UNP residues 489-612) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVUA0131
プラスミド: D. vulgaris Cascade/I-C (Cas5c-Cas8c-Cas7)/pHMGWA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q72WF8
#5: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 14457.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / プラスミド: D. vulgaris sp2 CRISPR/pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I-C Apo Cascade / タイプ: COMPLEX / 詳細: Minimal CRISPR Cascade / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.371 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: NiCo21(DE3)
プラスミド: D. vulgaris Cascade/I-C (Cas5c-Cas8c-Cas7)/pHMGWA
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 33 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5400

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4WarpCTF補正
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 850000
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156524 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00723973
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70832628
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.37314526
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0493626
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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