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万見
- PDB-7fd9: Thermostabilised full length human mGluR5-5M with orthosteric ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fd9
タイトルThermostabilised full length human mGluR5-5M with orthosteric antagonist, LY341495
要素Metabotropic glutamate receptor 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptors / signal transduction / metabotropic glutamate receptor / inactive state
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / : / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity ...A2A adenosine receptor binding / : / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / astrocyte projection / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / dendritic shaft / learning / locomotory behavior / synapse organization / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / dendritic spine / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / learning or memory / positive regulation of MAPK cascade / neuronal cell body / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z99 / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R. / Cannone, G. / Lebon, G.
資金援助 インド, 英国, フランス, 5件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)RJN-094/2017 インド
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC-U105184322 英国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE18-0001 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Agonists and allosteric modulators promote signaling from different metabotropic glutamate receptor 5 conformations.
著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / ...著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / Anaëlle Dumazer / Joan Font-Ingles / Xavier Gómez-Santacana / Juanlo Catena / Julie Kniazeff / Cyril Goudet / Amadeu Llebaria / Jean-Philippe Pin / Kutti R Vinothkumar / Guillaume Lebon /
要旨: Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus ...Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus flytrap domain is regulated by positive (PAM) or negative (NAM) allosteric modulators binding to the 7-transmembrane domain (7TM). We report the cryo-electron microscopy structures of fully inactive and intermediate-active conformations of mGlu receptor bound to an antagonist and a NAM or an agonist and a PAM, respectively, as well as the crystal structure of the 7TM bound to a photoswitchable NAM. The agonist induces a large movement between the subunits, bringing the 7TMs together and stabilizing a 7TM conformation structurally similar to the inactive state. Using functional approaches, we demonstrate that the PAM stabilizes a 7TM active conformation independent of the conformational changes induced by agonists, representing an alternative mode of mGlu activation. These findings provide a structural basis for different mGluR activation modes.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31537
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5
B: Metabotropic glutamate receptor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,0576
ポリマ－193,9082
非ポリマー1,1494
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area71940 Å2

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5 / mGluR5


分子量: 96953.977 Da / 分子数: 2 / 変異: H350L, N445A, T742A, S753A, T777A, I799A, A813L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41594
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-Z99 / 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / (1S,2S)-2-[(2S)-2-amino-1-hydroxy-1-oxo-3-(9H-xanthen-9-yl)propan-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid / LY-491395


分子量: 353.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human FL mGluR5-5M with orthosteric antagonist LY341495 and NAM MPEP
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.194 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI-
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHepes1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: mGluR5 with orthosteric antagonist LY341495 and NAM (MPEP) purified in DDM/CHS
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: Blot force was 10, 3.5 seconds blotting time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 44500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.2 sec. / 電子線照射量: 49.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16668
詳細: Dose rate was 7.6 e/p/s. Total number of frames is 32 and each frame has a dose of 1.56 e/A2
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
詳細: Imaging was done in EFTEM mode. Images were collected using beam shift in a series of 3x3 holes before stage shift. Active beam tilt compensation was turned on during the acquisition.
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.3モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
10REFMAC5.8.0267モデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 994036
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142191 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 147.5 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Refinement was performed with jelly body restraints
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
17P2L

7p2l

7P2L1578-827
26N52

6n52

6N522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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