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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ele | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL1 in complex with pre-miRNA 166f | ||||||
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![]() | HYDROLASE / MicroRNA / miRNA / Endonuclease / Helicase / Nuclease / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribonuclease I activity / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RISC complex / helicase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / DNA binding ...deoxyribonuclease I activity / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RISC complex / helicase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
![]() | Wei, X. / Ke, H. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of microRNA processing by Dicer-like 1. 著者: Xiaobin Wei / Huanhuan Ke / Aijia Wen / Bo Gao / Jing Shi / Yu Feng / ![]() 要旨: MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which ...MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs that inhibit the expression of target genes by directly binding to their mRNAs. In animals, pri-miRNAs are cleaved by Drosha to generate pre-miRNAs, which are subsequently cleaved by Dicer to generate mature miRNAs. Instead of being cleaved by two different enzymes, both cleavages in plants are performed by Dicer-like 1 (DCL1). With a similar domain architecture as human Dicer, it is mysterious how DCL1 recognizes pri-miRNAs and performs two cleavages sequentially. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis DCL1 complexed with a pri-miRNA and a pre-miRNA, respectively, in cleavage-competent states. These structures uncover the plasticity of the PAZ domain, which is critical for the recognition of both pri-miRNA and pre-miRNA. These structures suggest that the helicase module serves as an engine that transfers the substrate between two sequential cleavage events. This study lays a foundation for dissecting the regulation mechanism of miRNA biogenesis in plants and provides insights into the dicing state of human Dicer. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 267.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 787.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 823.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 213859.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DCL1, ASU1, CAF SIN1, SUS1, At1g01040, T25K16.4 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9SP32, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 28454.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: GenBank: 3449316 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of DCL1 in complex with pre-miRNA 166f タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 300148 / 対称性のタイプ: POINT |