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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7egp | ||||||
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タイトル | The structure of SWI/SNF-nucleosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodeler complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / rDNA binding / DNA translocase activity / RSC-type complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nuclear chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / chromosome segregation / helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription elongation by RNA polymerase II / lysine-acetylated histone binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z.C. / Chen, K.J. / He, Z.Y. / Ye, Y.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7egp.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7egp.ent.gz | 822.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7egp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7egp_validation.pdf.gz | 1014.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7egp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7egp_validation.xml.gz | 139.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7egp_validation.cif.gz | 216.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ... , 2種, 2分子 BC
#1: タンパク質 | 分子量: 124885.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWI1, ADR6, GAM3, YPL016W, LPA1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P09547 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 103954.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P18480 |
-タンパク質 , 9種, 14分子 DEJLMNOSPTQURV
#3: タンパク質 | 分子量: 94178.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWI3, TYE2, YJL176C, J0495 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P32591 #6: タンパク質 | | 分子量: 71510.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SWP82, YFL049W 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P43554 #8: タンパク質 | | 分子量: 17817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RTT102, YGR275W, G9378 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P53330 #9: タンパク質 | | 分子量: 53863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: ARP7, SWP61, YPR034W, YP9367.14 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q12406 #10: タンパク質 | | 分子量: 53131.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: ARP9, SWP59, YMR033W, YM9973.07 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q05123 #11: タンパク質 | 分子量: 15289.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P84233 #12: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P62799 #13: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q6AZJ8 #14: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P02281 |
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-Transcription regulatory protein ... , 3種, 3分子 HIA
#4: タンパク質 | 分子量: 63947.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF12, SWP73, YNR023W, N3224 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P53628 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 37652.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF6, YHL025W 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P18888 |
#7: タンパク質 | 分子量: 114311.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF2, GAM1, RIC1, SWI2, TYE3, YOR290C 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 WX
#15: DNA鎖 | 分子量: 72380.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 72740.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#17: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#18: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#19: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229461 / 対称性のタイプ: POINT |