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- PDB-7eel: Cyanophage Pam1 capsid asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eel
タイトルCyanophage Pam1 capsid asymmetric unit
要素
  • Cement (decoration) proteins
  • Major capsid proteins
キーワードVIRUS / Major capsid and cement proteins
生物種unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Zhang, J.T. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903100 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly pattern of a freshwater short-tailed cyanophage Pam1.
著者: Jun-Tao Zhang / Feng Yang / Kang Du / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near- ...Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near-atomic-resolution structure of a freshwater short-tailed cyanophage, Pam1, which comprises a 400-Å-long tail and an icosahedral capsid of 650 Å in diameter. The outer capsid surface is reinforced by trimeric cement proteins with a β-sandwich fold, which structurally resemble the distal motif of Pam1's tailspike, suggesting its potential role in host recognition. At the portal vertex, the dodecameric portal and connected adaptor, followed by a hexameric needle head, form a DNA ejection channel, which is sealed by a trimeric needle. Moreover, we identify a right-handed rifling pattern that might help DNA to revolve along the wall of the ejection channel. Our study reveals the precise assembly pattern of a cyanophage and lays the foundation to support its practical biotechnological and environmental applications.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31078
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid proteins
B: Major capsid proteins
C: Major capsid proteins
D: Major capsid proteins
E: Major capsid proteins
F: Major capsid proteins
G: Major capsid proteins
H: Cement (decoration) proteins
I: Cement (decoration) proteins
J: Cement (decoration) proteins
K: Cement (decoration) proteins
L: Cement (decoration) proteins
M: Cement (decoration) proteins
N: Cement (decoration) proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,47214
ポリマ－372,47214
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid proteins
B: Major capsid proteins
C: Major capsid proteins
D: Major capsid proteins
E: Major capsid proteins
F: Major capsid proteins
G: Major capsid proteins
H: Cement (decoration) proteins
I: Cement (decoration) proteins
J: Cement (decoration) proteins
K: Cement (decoration) proteins
L: Cement (decoration) proteins
M: Cement (decoration) proteins
N: Cement (decoration) proteins
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,348,313840
ポリマ－22,348,313840
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid proteins
B: Major capsid proteins
C: Major capsid proteins
D: Major capsid proteins
E: Major capsid proteins
F: Major capsid proteins
G: Major capsid proteins
H: Cement (decoration) proteins
I: Cement (decoration) proteins
J: Cement (decoration) proteins
K: Cement (decoration) proteins
L: Cement (decoration) proteins
M: Cement (decoration) proteins
N: Cement (decoration) proteins
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.86 MDa, 70 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,862,35970
ポリマ－1,862,35970
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid proteins
B: Major capsid proteins
C: Major capsid proteins
D: Major capsid proteins
E: Major capsid proteins
F: Major capsid proteins
G: Major capsid proteins
H: Cement (decoration) proteins
I: Cement (decoration) proteins
J: Cement (decoration) proteins
K: Cement (decoration) proteins
L: Cement (decoration) proteins
M: Cement (decoration) proteins
N: Cement (decoration) proteins
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.23 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,234,83184
ポリマ－2,234,83184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid proteins


分子量: 39379.066 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unidentified (未定義)
#2: タンパク質
Cement (decoration) proteins


分子量: 13831.203 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unidentified (未定義)
由来についての詳細The source organism is a short-tailed cyanophage which was separated and sequenced by the author.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Pam1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pseudanabaena mucicola
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21210 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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