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万見
- PDB-7eb2: Cryo-EM structure of human GABA(B) receptor-Gi protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eb2
タイトルCryo-EM structure of human GABA(B) receptor-Gi protein complex
要素
  • (Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit ...) x 2
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • ScFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABAB / Cryo-EM / GPCR / Gi
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / : / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / : / G protein-coupled GABA receptor activity / negative regulation of dopamine secretion / negative regulation of epinephrine secretion / positive regulation of growth hormone secretion ...negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / : / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / : / G protein-coupled GABA receptor activity / negative regulation of dopamine secretion / negative regulation of epinephrine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / negative regulation of adenylate cyclase activity / GABA receptor complex / negative regulation of synaptic transmission / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / axolemma / regulation of eating behavior / adenylate cyclase inhibitor activity / T cell migration / positive regulation of protein localization to cell cortex / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / dendritic shaft / mast cell degranulation / chemokine-mediated signaling pathway / response to nicotine / neuropeptide signaling pathway / Regulation of insulin secretion / response to prostaglandin E / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / Schaffer collateral - CA1 synapse / GABA-ergic synapse / osteoblast differentiation / mitochondrial membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / GDP binding / photoreceptor disc membrane / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / synaptic vesicle / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G alpha (12/13) signalling events / G-protein beta-subunit binding / extracellular vesicle / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / ciliary basal body / GTPase binding / midbody / G protein activity / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / Ca2+ pathway / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / dendritic spine / G alpha (s) signalling events
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
baclofen / Chem-FN0 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shen, C. / Mao, C. / Xu, C. / Jin, N. / Zhang, H. / Shen, D. / Shen, Q. / Wang, X. / Hou, T. / Rondard, P. ...Shen, C. / Mao, C. / Xu, C. / Jin, N. / Zhang, H. / Shen, D. / Shen, Q. / Wang, X. / Hou, T. / Rondard, P. / Chen, Z. / Pin, J. / Zhang, Y. / Liu, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of GABA receptor-G protein coupling.
著者: Cangsong Shen / Chunyou Mao / Chanjuan Xu / Nan Jin / Huibing Zhang / Dan-Dan Shen / Qingya Shen / Xiaomei Wang / Tingjun Hou / Zhong Chen / Philippe Rondard / Jean-Philippe Pin / Yan Zhang / Jianfeng Liu /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) have central roles in intercellular communication. Structural studies have revealed how GPCRs can activate G proteins. However, whether this mechanism is ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) have central roles in intercellular communication. Structural studies have revealed how GPCRs can activate G proteins. However, whether this mechanism is conserved among all classes of GPCR remains unknown. Here we report the structure of the class-C heterodimeric GABA receptor, which is activated by the inhibitory transmitter GABA, in its active form complexed with G protein. We found that a single G protein interacts with the GB2 subunit of the GABA receptor at a site that mainly involves intracellular loop 2 on the side of the transmembrane domain. This is in contrast to the G protein binding in a central cavity, as has been observed with other classes of GPCR. This binding mode results from the active form of the transmembrane domain of this GABA receptor being different from that of other GPCRs, as it shows no outside movement of transmembrane helix 6. Our work also provides details of the inter- and intra-subunit changes that link agonist binding to G-protein activation in this heterodimeric complex.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31049
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
Y: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: ScFv16
C: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
D: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,3868
ポリマ－313,8426
非ポリマー5442
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABY

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40414.047 Da / 分子数: 1 / 変異: S47N,G203A,E245A,A326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 39418.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit ... , 2種, 2分子 CD

#5: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / Gb1


分子量: 105976.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBS5
#6: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 91359.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75899

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抗体 , 1種, 1分子 N

#4: 抗体 ScFv16


分子量: 28813.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-2C0 / baclofen / (3R)-4-amino-3-(4-chlorophenyl)butanoic acid


分子量: 213.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12ClNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-FN0 / (3S)-5,7-ditert-butyl-3-oxidanyl-3-(trifluoromethyl)-1-benzofuran-2-one


分子量: 330.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21F3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The GABAB-Gi1 complexCOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding proteinCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3ScFv16COMPLEX#41RECOMBINANT
4Gamma-aminobutyric acid type B receptorCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23synthetic construct (人工物)32630
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
34Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293F
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2150 mMNaCl1
32 mMMgCl21
40.002 (w/v)%LMNG1
50.0004 (w/v)%CHS1
6100 uMbaclofen1
750 uMBHFF1
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 49310 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 13843
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctfv1.18CTF補正
7Coot0.89モデルフィッティング
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5889932
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275089 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17C7Q

7c7q

17C7Q1PDBexperimental model
26PT0

6pt0

16PT02PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00718896
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76325600
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.4096867
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.112874
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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