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- PDB-7dkj: Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dkj
タイトルHemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody
要素
  • Fv-clasp heavy chain
  • Fv-clasp light chain
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / neutralizing antibody / Influenza A virus / Hemagglutinin / Fv-clasp / Okuda
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Shirouzu, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody
著者: Makino-Okamura, C. / Hata, H. / Watanabe, T. / Kim, S. / Hebrard, M. / Sato, R. / Yan, M. / Onodera, T. / Takahashi, Y. / Li, Q. / Taylor, T. / Okuno, Y. / Kurosaki, T. / Tomabechi, Y. / ...著者: Makino-Okamura, C. / Hata, H. / Watanabe, T. / Kim, S. / Hebrard, M. / Sato, R. / Yan, M. / Onodera, T. / Takahashi, Y. / Li, Q. / Taylor, T. / Okuno, Y. / Kurosaki, T. / Tomabechi, Y. / Uchikubo-Kamo, T. / Kamada, K. / Shirouzu, M. / Fukuyama, H.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: em_3d_fitting_list / em_imaging ...em_3d_fitting_list / em_imaging / em_software / pdbx_contact_author / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.source_name ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30707
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: Fv-clasp heavy chain
D: Fv-clasp light chain
E: Hemagglutinin
G: Fv-clasp heavy chain
H: Fv-clasp light chain
I: Hemagglutinin
K: Fv-clasp heavy chain
L: Fv-clasp light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,89624
ポリマ－335,3869
非ポリマー5,51015
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 67423.797 Da / 分子数: 3 / 変異: L35C, Y106F, N111S, G387C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Okuda/1957(H2N2) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1
詳細 (発現宿主): gp67 secretion signal sequence on N-terminal. Thrombin-Foldon-AviTag-6xHis on C-terminal.
細胞株 (発現宿主): Hi-Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0A7E4R0
#2: 抗体 Fv-clasp heavy chain


分子量: 23083.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCR2.1-dT7P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fv-clasp light chain


分子量: 21287.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCR2.1-dT7P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.29 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia n
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2043
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.18モデル精密化
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11RELION3.0.8最終オイラー角割当
12RELION3.0.8分類
13RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1768385
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52314 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 141.37 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Corelation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14HLZ

4hlz

14HLZ1PDBexperimental model
25XCX

5xcx

15XCX2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 32.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007220550
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.823427795
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05113048
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00533567
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.48142886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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