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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cth | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing antibody EDE1 C10 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Dengue virus / antibody / broadly neutralizing / flavivirus | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity ...: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Sharma, A. / Duquerroy, S. / Zhou, Z.H. / Rey, F.A. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses. 著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey / 要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization. 著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cth.cif.gz | 399.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cth.ent.gz | 335.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cth_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cth_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cth_validation.xml.gz | 85.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cth_validation.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7cth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7cth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 30465MC 7a3nC 7a3oC 7a3pC 7a3qC 7a3rC 7a3sC 7a3tC 7a3uC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54351.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: Q88636 #2: タンパク質 | 分子量: 8345.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) 遺伝子: POLY / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) 参照: UniProt: Q20II5, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #3: 抗体 | 分子量: 15679.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: heavy chain variable region of the broadly neutralizing antibody EDE1 C10 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #4: 抗体 | 分子量: 15632.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: light chain variable region of the broadly neutralizing antibody EDE1 C10 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dengue virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #2-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4977 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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