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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ctg | ||||||
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タイトル | Human Origin Recognition Complex, ORC1-5 State I | ||||||
![]() | (Origin recognition complex subunit ...) x 5 | ||||||
![]() | REPLICATION / DNA replication initiation / Origin Recognition Complex / cryo-EM / autoinhibition conformation | ||||||
機能・相同性 | ![]() polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / heterochromatin / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / DNA replication / chromosome, telomeric region / nuclear body / nucleotide binding / centrosome / chromatin binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å | ||||||
![]() | Cheng, J. / Li, N. / Wang, X. / Hu, J. / Zhai, Y. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the assembly and conformational activation of human origin recognition complex. 著者: Jiaxuan Cheng / Ningning Li / Xiaohan Wang / Jiazhi Hu / Yuanliang Zhai / Ning Gao / ![]() 要旨: The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is ...The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is reconfigured into a state competent for origin association remain largely unknown. Here, we present structural characterizations of human ORC1-5 and ORC2-5 assemblies. ORC2-5 exhibits a tightly autoinhibited conformation with the winged-helix domain of ORC2 completely blocking the central DNA-binding channel. The binding of ORC1 partially relieves the autoinhibitory effect of ORC2-5 through remodeling ORC2-WHD, which makes ORC2-WHD away from the central channel creating a still autoinhibited but more dynamic structure. In particular, the AAA+ domain of ORC1 is highly flexible to sample a variety of conformations from inactive to potentially active states. These results provide insights into the detailed mechanisms regulating the autoinhibition of human ORC and its subsequent activation for DNA binding. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 355.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 921.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Origin recognition complex subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 97499.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q13415 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 66063.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q13416 |
#3: タンパク質 | 分子量: 82365.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UBD5 |
#4: タンパク質 | 分子量: 50444.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O43929 |
#5: タンパク質 | 分子量: 50349.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O43913 |
-非ポリマー , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
#6: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Origin Recognition Complex 1-5 State I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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