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- PDB-7b5p: AcrB in cycloalkane amphipol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5p
タイトルAcrB in cycloalkane amphipol
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / drug exporter / amphipol
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Higgins, A.J. / Flynn, A.J. / Muench, S.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R018561/1/ 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cycloalkane-modified amphiphilic polymers provide direct extraction of membrane proteins for CryoEM analysis.
著者: Anna J Higgins / Alex J Flynn / Anaïs Marconnet / Laura J Musgrove / Vincent L G Postis / Jonathan D Lippiat / Chun-Wa Chung / Tom Ceska / Manuela Zoonens / Frank Sobott / Stephen P Muench /
要旨: Membrane proteins are essential for cellular growth, signalling and homeostasis, making up a large proportion of therapeutic targets. However, the necessity for a solubilising agent to extract them ...Membrane proteins are essential for cellular growth, signalling and homeostasis, making up a large proportion of therapeutic targets. However, the necessity for a solubilising agent to extract them from the membrane creates challenges in their structural and functional study. Although amphipols have been very effective for single-particle electron cryo-microscopy (cryoEM) and mass spectrometry, they rely on initial detergent extraction before exchange into the amphipol environment. Therefore, circumventing this pre-requirement would be a big advantage. Here we use an alternative type of amphipol: a cycloalkane-modified amphiphile polymer (CyclAPol) to extract Escherichia coli AcrB directly from the membrane and demonstrate that the protein can be isolated in a one-step purification with the resultant cryoEM structure achieving 3.2 Å resolution. Together this work shows that cycloalkane amphipols provide a powerful approach for the study of membrane proteins, allowing native extraction and high-resolution structure determination by cryoEM.
履歴
登録2020年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
A: Efflux pump membrane transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,7583
ポリマ－341,7583
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17280 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area119280 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 113919.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: acrB_1, acrB, acrB_2, acrB_3, acrB_4, acrB_5, acrB_6, A8C65_09270, A9819_02265, A9X72_18695, AC789_1c04620, ACN002_0478, ACN68_10695, ACN81_24630, ACU57_11680, ACU90_20590, AM270_01980, ...遺伝子: acrB_1, acrB, acrB_2, acrB_3, acrB_4, acrB_5, acrB_6, A8C65_09270, A9819_02265, A9X72_18695, AC789_1c04620, ACN002_0478, ACN68_10695, ACN81_24630, ACU57_11680, ACU90_20590, AM270_01980, AM464_19305, AMK83_09190, AML35_17310, AUQ13_18190, AW059_13640, AWB10_19050, AWG78_005565, B6V57_02435, BANRA_00889, BANRA_00999, BB545_15910, BEN53_04520, BHF03_18080, BHF46_21335, BHS81_02950, BHS87_02495, BIQ87_02540, BIZ41_13825, BJJ90_19940, BK248_01725, BK292_14280, BK296_16050, BK334_05580, BK373_00965, BK383_14595, BMA87_04530, BMT49_03610, BMT91_04935, BN17_02651, BOH76_16460, BON63_11900, BON65_19130, BON66_08715, BON69_11225, BON71_10040, BON72_14720, BON75_11085, BON76_24190, BON86_26060, BON94_15210, BON95_06075, BON98_18530, BTQ06_00925, BUE81_06435, BvCms12BK_04863, BvCms2454_01835, BvCms28BK_00632, BvCmsC61A_03075, BvCmsHHP019_03148, BvCmsHHP056_01479, BvCmsKKP061_00163, BvCmsKSNP073_04604, BvCmsKSNP081_04683, BvCmsKSNP120_04201, BvCmsKSP011_05014, BvCmsKSP024_04861, BvCmsKSP026_02627, BvCmsKSP045_04703, BvCmsKSP058_04933, BvCmsKSP067_05122, BvCmsKSP076_04688, BvCmsNSNP036_04234, BvCmsNSP006_01210, BvCmsNSP007_00776, BvCmsNSP047_01693, BvCmsNSP072_02397, BvCmsOUP014_01037, BvCmsSINP011_02642, BvCmsSINP022_01605, BvCmsSIP019_03696, BvCmsSIP044_00930, BW690_06940, BWI89_12175, BXT93_07785, BZL31_19295, C2U48_07740, C4K41_07725, C4M78_18085, C5F73_09745, C5N07_13110, C5P01_15940, C5P44_16955, C6669_02375, C6B13_10325, C7B02_04170, C7B06_13000, C7B07_14810, C9114_13235, C9141_12200, C9160_00185, C9162_13005, C9201_04165, C9E25_04215, C9Z03_06210, C9Z23_00255, C9Z28_08635, C9Z37_05005, C9Z39_05195, C9Z43_06095, C9Z69_16095, C9Z70_09245, CA593_00820, CDC27_01240, CDL37_08810, CF006_06195, CG692_04680, CI693_16095, CI694_14685, CIG45_11530, CJU63_02500, CJU64_02490, CMR93_03420, CO706_24730, COD46_04485, CR538_19130, CR539_06565, CRD98_02045, CRJUMX01_650090, CRM83_13415, CT146_16100, CV83915_01104, CWS33_13665, D0X26_07790, D2184_11155, D2185_12425, D3C88_31425, D3O91_18365, D4023_06520, D4628_13155, D4636_06025, D4638_05215, D4718_02720, D4V08_10150, D6T60_09670, D6T98_07735, D6W00_12590, D6X36_16210, D7W70_07875, D7Z75_05690, D9C99_07900, D9D20_11125, D9D44_10685, D9E13_00485, D9E19_02400, D9E35_07135, D9E73_21575, D9F17_03155, D9F32_03530, D9F87_10685, D9G11_17580, D9G29_00450, D9G42_13565, D9G69_10585, D9G95_10390, D9H36_07220, D9H68_03680, D9H70_06065, D9H94_07380, D9I18_05035, D9I87_03680, D9I97_02625, D9J11_02570, D9J44_06200, D9J52_11760, D9J63_03815, D9K02_03900, D9K54_20470, D9Z28_24640, DAH18_15350, DAH30_15550, DAH34_12755, DAH37_04875, DB359_14850, DBQ99_19255, DEN89_14865, DEN97_16890, DEO04_04920, DEO19_17525, DEO20_17510, DJ487_10315, DJ503_01450, DK132_02395, DL292_07005, DL326_11785, DL479_02540, DL545_18765, DL705_13145, DLU50_07900, DLU67_10935, DLU82_01970, DLW88_19215, DLX40_09005, DLY41_06715, DLY44_14465, DM129_08550, DM267_01255, DM296_06955, DM382_09705, DM820_06155, DM973_09850, DMY83_13165, DN627_04140, DN660_06030, DN700_07110, DN808_01530, DNC98_06145, DND79_04450, DNI21_09935, DNR35_00855, DNW42_12745, DNX19_03500, DOY61_02460, DOY67_09480, DP258_04725, DP265_04400, DP277_07910, DQE91_07055, DQF36_01200, DQF57_08040, DQF72_04240, DQO13_05880, DQP61_17770, DRW19_06780, DS732_07285, DT034_10130, DTL43_07030, DTL90_18880, DTM10_06440, DU333_14630, DW236_16180, DWB25_18810, DXT69_07740, DXT71_02600, DXT73_02225, E0I42_07045, E0K84_10260, E2112_11465, E2114_15395, E2115_11930, E2119_01370, E2127_09005, E2128_08320, E2129_12030, E2134_12580, E2135_12650, E2148_08850, E4A44_12425, E4K51_12425, E4K55_09900, E4K60_11595, E5P22_01620, E5P24_11315, E5P28_18315, E5P37_02890, E5S42_13425, E5S56_04760, EA184_13145, EA189_17430, EA218_08750, EA223_15405, EA231_12325, EA239_15375, EA250_11755, EA429_15685, EAI46_01035, EAI52_03305, EAN77_07570, EAX79_06460, EB476_04025, EB525_RS00175, EC1094V2_3386, EC3426_01300, EC382_09135, ECONIH1_02500, ECTO6_03638, ED178_10910, ED307_06795, ED648_02095, EEP23_01410, EG075_08750, EG796_01740, EH186_13990, EHD79_03845, EI021_20720, EI028_12150, EI032_07905, EI041_08500, EIA08_09625, EIA21_12180, EJC75_24510, EL75_3290, EL79_3385, EL80_3339, ELT20_07985, ELT58_12170, ELV08_01140, ELY05_12005, EO241_14205, EPT01_06710, EPU41_02295, EQ825_17705, ERS085365_02371, ERS085366_03391, ERS085374_02303, ERS085379_01141, ERS139211_01948, ERS150873_01787, ExPECSC019_00381, ExPECSC038_03243, EXX06_12030, EXX13_09300, EXX23_10330, EXX24_02235, EXX53_07265, EXX55_11505, EXX71_19130, EXX78_05470, EXX87_11195, EYD11_17095, EYX82_01500, EYX99_02255, EYY27_15910, EYY78_02330, F1E13_02930, F1E19_02810, F7F11_07205, F7F18_02645, F7F29_13450, F7F56_10820, F9040_08845, F9225_13995, F9X20_11065, F9Z53_11120, F9Z74_08955, FORC82_3586, FQ022_06350, FQ915_11580, FQR64_17285, FQU83_20500, FQZ46_14155, FRV13_04215, FV293_05765, FV438_08525, FZ043_05490, FZN06_02310, FZN30_08470, G3V64_03945, G5603_08575, G5608_10915, G5616_17800, G5632_14455, G5686_06550, G5688_07040, GHR40_21640, GII67_09125, GII91_03825, GKF21_12125, GKF28_11295, GKF34_11195, GKF39_01530, GKF47_11385, GKF52_13635, GKF74_01825, GKF86_04555, GKF89_04410, GKG12_03295, GNZ03_09590, GNZ05_01310, GP650_17935, GP654_09140, GP666_11010, GP671_13130, GP678_16470, GP689_14290, GP698_14015, GP700_10545, GP720_06095, GP727_13610, GP892_11190, GP912_14175, GP935_15175, GP945_16670, GP946_00315, GP950_13345, GQA06_04590, GQA23_11080, GQA63_01155, GQA64_12425, GQE22_08970, GQE30_17545, GQE33_07470, GQE34_01120, GQE42_04545, GQE51_10380, GQE58_13150, GQE64_19110, GQE87_01345, GQE93_05675, GQF59_01155, GQL64_11830, GQM10_04910, GQM17_15105, GQM18_02835, GQM28_04965, GQN16_06365, GQN24_05120, GQY14_07730, GRW05_06170, GRW12_18865, GRW27_17010, GRW30_01790, GRW42_02940, GRW80_13135, GRW81_04465, GUB85_11530, GUB91_14860, GUB95_14530, GUC01_07830, GUC12_14650, GZS12_17565, HmCms184_01943, HmCmsJML079_00721, HmCmsJML146_03063, HmCmsJML204_02413, HW43_05935, MJ49_04125, MS6198_04670, MS8345_00466, NCTC10418_05566, NCTC10766_05800, NCTC10865_04672, NCTC10963_03279, NCTC11126_00116, NCTC11181_01060, NCTC12650_04129, NCTC13148_06601, NCTC13216_02965, NCTC13846_03608, NCTC9007_00190, NCTC9036_03767, NCTC9045_04279, NCTC9055_00632, NCTC9058_03192, NCTC9062_04550, NCTC9111_03904, NCTC9117_04708, NCTC9119_03922, NCTC9434_02883, NCTC9706_01042, NCTC9969_03956, PGD_02849, PU06_12600, RG28_02520, RK56_026290, RX35_02133, SAMEA3472043_02753, SAMEA3472044_00392, SAMEA3472047_02966, SAMEA3472055_02089, SAMEA3472056_03557, SAMEA3472070_02210, SAMEA3472080_01739, SAMEA3472090_01741, SAMEA3472108_01933, SAMEA3472114_01186, SAMEA3484427_03472, SAMEA3484429_01960, SAMEA3485101_03912, SAMEA3752553_00212, SAMEA3752557_00298, SAMEA3752559_02826, SAMEA3752620_00857, SAMEA3753064_01307, SAMEA3753097_00439, SAMEA3753164_00290, SAMEA3753290_01796, SAMEA3753300_00529, SK85_00486, UN86_09270, UN91_18355, WQ89_01050, WR15_04005
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QH56

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AcrB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3861: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100932 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0123541
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90331980
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.1373225
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0553787
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054086

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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