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- PDB-7are: DNA origami pointer object v2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7are
タイトルDNA origami pointer object v2
要素
  • (STAPLE STRAND) x 202
  • SCAFFOLD STRAND
キーワードDNA / DNA Origami
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Thomas, M. / Feigl, E. / Kohler, F. / Kube, M. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. ...Thomas, M. / Feigl, E. / Kohler, F. / Kube, M. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. / Martin, T.G. / Scheres, S.H.W. / Dietz, H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
European Research Council (ERC) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Revealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution.
著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W ...著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions.
履歴
登録2020年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11881
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SCAFFOLD STRAND
AB: STAPLE STRAND
AC: STAPLE STRAND
AD: STAPLE STRAND
AE: STAPLE STRAND
AF: STAPLE STRAND
AG: STAPLE STRAND
AH: STAPLE STRAND
AI: STAPLE STRAND
AJ: STAPLE STRAND
AK: STAPLE STRAND
AL: STAPLE STRAND
AM: STAPLE STRAND
AN: STAPLE STRAND
AO: STAPLE STRAND
AP: STAPLE STRAND
AQ: STAPLE STRAND
AR: STAPLE STRAND
AS: STAPLE STRAND
AT: STAPLE STRAND
AU: STAPLE STRAND
AV: STAPLE STRAND
AW: STAPLE STRAND
AX: STAPLE STRAND
AY: STAPLE STRAND
AZ: STAPLE STRAND
Aa: STAPLE STRAND
Ab: STAPLE STRAND
Ac: STAPLE STRAND
Ad: STAPLE STRAND
Ae: STAPLE STRAND
Af: STAPLE STRAND
Ag: STAPLE STRAND
Ah: STAPLE STRAND
Ai: STAPLE STRAND
Aj: STAPLE STRAND
Ak: STAPLE STRAND
Al: STAPLE STRAND
Am: STAPLE STRAND
An: STAPLE STRAND
Ao: STAPLE STRAND
Ap: STAPLE STRAND
Aq: STAPLE STRAND
Ar: STAPLE STRAND
As: STAPLE STRAND
At: STAPLE STRAND
Au: STAPLE STRAND
Av: STAPLE STRAND
Aw: STAPLE STRAND
Ax: STAPLE STRAND
Ay: STAPLE STRAND
Az: STAPLE STRAND
A0: STAPLE STRAND
A1: STAPLE STRAND
A2: STAPLE STRAND
A3: STAPLE STRAND
A4: STAPLE STRAND
A5: STAPLE STRAND
A6: STAPLE STRAND
A7: STAPLE STRAND
A8: STAPLE STRAND
A9: STAPLE STRAND
BA: STAPLE STRAND
BB: STAPLE STRAND
BC: STAPLE STRAND
BD: STAPLE STRAND
BE: STAPLE STRAND
BF: STAPLE STRAND
BG: STAPLE STRAND
BH: STAPLE STRAND
BI: STAPLE STRAND
BJ: STAPLE STRAND
BK: STAPLE STRAND
BL: STAPLE STRAND
BM: STAPLE STRAND
BN: STAPLE STRAND
BO: STAPLE STRAND
BP: STAPLE STRAND
BQ: STAPLE STRAND
BR: STAPLE STRAND
BS: STAPLE STRAND
BT: STAPLE STRAND
BU: STAPLE STRAND
BV: STAPLE STRAND
BW: STAPLE STRAND
BX: STAPLE STRAND
BY: STAPLE STRAND
BZ: STAPLE STRAND
Ba: STAPLE STRAND
Bb: STAPLE STRAND
Bc: STAPLE STRAND
Bd: STAPLE STRAND
Be: STAPLE STRAND
Bf: STAPLE STRAND
Bg: STAPLE STRAND
Bh: STAPLE STRAND
Bi: STAPLE STRAND
Bj: STAPLE STRAND
Bk: STAPLE STRAND
Bl: STAPLE STRAND
Bm: STAPLE STRAND
Bn: STAPLE STRAND
Bo: STAPLE STRAND
Bp: STAPLE STRAND
Bq: STAPLE STRAND
Br: STAPLE STRAND
Bs: STAPLE STRAND
Bt: STAPLE STRAND
Bu: STAPLE STRAND
Bv: STAPLE STRAND
Bw: STAPLE STRAND
Bx: STAPLE STRAND
By: STAPLE STRAND
Bz: STAPLE STRAND
B0: STAPLE STRAND
B1: STAPLE STRAND
B2: STAPLE STRAND
B3: STAPLE STRAND
B4: STAPLE STRAND
B5: STAPLE STRAND
B6: STAPLE STRAND
B7: STAPLE STRAND
B8: STAPLE STRAND
B9: STAPLE STRAND
CA: STAPLE STRAND
CB: STAPLE STRAND
CC: STAPLE STRAND
CD: STAPLE STRAND
CE: STAPLE STRAND
CF: STAPLE STRAND
CG: STAPLE STRAND
CH: STAPLE STRAND
CI: STAPLE STRAND
CJ: STAPLE STRAND
CK: STAPLE STRAND
CL: STAPLE STRAND
CM: STAPLE STRAND
CN: STAPLE STRAND
CO: STAPLE STRAND
CP: STAPLE STRAND
CQ: STAPLE STRAND
CR: STAPLE STRAND
CS: STAPLE STRAND
CT: STAPLE STRAND
CU: STAPLE STRAND
CV: STAPLE STRAND
CW: STAPLE STRAND
CX: STAPLE STRAND
CY: STAPLE STRAND
CZ: STAPLE STRAND
Ca: STAPLE STRAND
Cb: STAPLE STRAND
Cc: STAPLE STRAND
Cd: STAPLE STRAND
Ce: STAPLE STRAND
Cf: STAPLE STRAND
Cg: STAPLE STRAND
Ch: STAPLE STRAND
Ci: STAPLE STRAND
Cj: STAPLE STRAND
Ck: STAPLE STRAND
Cl: STAPLE STRAND
Cm: STAPLE STRAND
Cn: STAPLE STRAND
Co: STAPLE STRAND
Cp: STAPLE STRAND
Cq: STAPLE STRAND
Cr: STAPLE STRAND
Cs: STAPLE STRAND
Ct: STAPLE STRAND
Cu: STAPLE STRAND
Cv: STAPLE STRAND
Cw: STAPLE STRAND
Cx: STAPLE STRAND
Cy: STAPLE STRAND
Cz: STAPLE STRAND
C0: STAPLE STRAND
C1: STAPLE STRAND
C2: STAPLE STRAND
C3: STAPLE STRAND
C4: STAPLE STRAND
C5: STAPLE STRAND
C6: STAPLE STRAND
C7: STAPLE STRAND
C8: STAPLE STRAND
C9: STAPLE STRAND
DA: STAPLE STRAND
DB: STAPLE STRAND
DC: STAPLE STRAND
DD: STAPLE STRAND
DE: STAPLE STRAND
DF: STAPLE STRAND
DG: STAPLE STRAND
DH: STAPLE STRAND
DI: STAPLE STRAND
DJ: STAPLE STRAND
DK: STAPLE STRAND
DL: STAPLE STRAND
DM: STAPLE STRAND
DN: STAPLE STRAND
DO: STAPLE STRAND
DP: STAPLE STRAND
DQ: STAPLE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,694,699203
ポリマ－4,694,699203
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
DNA鎖 , 203種, 203分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAd...

#1: DNA鎖 SCAFFOLD STRAND


分子量: 2236402.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12334.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9506.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12250.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14749.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9518.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12282.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9609.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13745.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12426.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13737.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11069.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13928.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12333.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12320.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11089.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#17: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13760.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10387.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11080.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10530.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10291.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#22: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10511.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#23: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9902.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13037.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12252.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14942.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#27: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12292.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#28: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11303.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#29: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15544.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12483.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#31: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11289.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#32: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14762.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#33: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13070.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11269.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11400.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#36: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9657.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#37: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12294.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#38: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12910.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#39: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12212.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#40: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12239.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#41: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9814.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#42: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11511.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#43: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12395.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#44: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12524.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#45: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9369.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#46: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9922.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#47: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9975.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#48: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12199.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#49: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12275.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#50: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9856.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#51: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12372.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#52: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12364.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#53: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14806.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#54: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9457.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#55: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12698.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9811.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#57: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14810.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#58: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12324.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#59: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12465.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#60: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12852.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#61: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11282.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#62: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12350.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#63: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9874.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#64: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13973.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#65: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11389.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#66: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9698.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#67: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11063.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#68: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12904.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#69: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11473.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#70: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12238.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#71: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9695.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#72: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12270.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#73: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9847.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#74: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11338.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#75: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9943.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#76: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9888.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#77: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12337.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#78: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14612.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#79: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9916.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#80: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12232.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#81: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14813.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#82: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12298.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#83: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12855.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#84: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14884.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#85: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14556.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#86: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12154.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#87: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12178.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#88: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12320.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#89: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12131.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#90: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12263.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#91: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9868.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#92: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12218.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#93: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12301.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#94: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13593.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#95: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9998.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#96: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12536.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#97: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12425.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#98: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15064.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#99: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9000.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#100: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12953.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#101: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12227.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#102: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12301.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#103: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9864.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#104: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12167.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#105: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14756.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#106: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12349.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#107: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9498.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#108: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14798.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#109: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12156.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#110: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14718.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#111: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12398.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#112: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12366.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#113: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12228.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#114: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12336.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#115: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12213.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#116: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12903.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#117: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9482.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#118: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12257.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#119: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14881.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#120: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15429.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#121: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9561.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#122: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8887.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#123: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12323.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#124: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12458.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#125: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12187.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#126: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10523.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#127: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12275.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#128: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12287.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#129: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10507.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#130: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9837.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#131: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12372.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#132: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12284.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#133: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12373.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#134: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12272.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#135: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12356.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#136: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13473.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#137: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11272.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#138: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12208.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#139: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12167.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#140: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14827.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#141: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10340.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#142: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12324.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#143: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12183.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#144: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14577.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#145: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14760.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#146: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10434.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#147: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8050.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#148: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13584.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#149: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10046.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#150: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8042.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#151: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12387.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#152: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10407.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#153: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10439.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#154: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12308.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#155: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12366.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#156: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12413.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#157: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14900.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#158: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14805.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#159: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14200.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#160: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14782.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#161: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13554.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#162: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12200.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#163: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14875.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#164: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9666.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#165: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13439.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#166: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9982.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#167: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12251.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#168: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15391.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#169: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12237.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#170: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12333.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#171: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12314.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#172: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12503.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#173: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12909.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#174: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15367.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#175: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12876.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#176: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12320.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#177: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14894.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#178: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12476.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#179: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12400.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#180: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9476.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#181: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12394.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#182: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12431.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#183: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13754.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#184: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10363.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#185: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14747.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#186: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14791.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#187: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12266.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#188: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14701.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#189: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9549.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#190: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12369.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#191: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15414.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#192: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15412.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#193: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12352.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#194: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12815.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#195: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11280.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#196: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14809.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#197: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12286.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#198: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9790.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#199: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14842.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#200: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14855.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#201: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 7285.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#202: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9829.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#203: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12420.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DNA origami pointer object v2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: DNA Origami / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse, 50nM
試料支持詳細: Grid was coated with graphene oxide / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 281527 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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