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- PDB-7aoi: Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome large subunit assembly ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aoi
タイトルTrypanosoma brucei mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 3
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 6
  • Acyl carrier protein
  • Chaperone protein DNAj, putative,mL77,Chaperone protein DNAj, putative
  • Complex1-LYR-like
  • DEAD-box helicase, putative,mt-LAF2
  • GTP-binding protein
  • GTP-binding protein, putative,mt-EngA
  • LIM domain containing protein,mL90
  • Lipase (Class 3)
  • Pseudouridylate synthase, putative
  • RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
  • RNA uridylyltransferase
  • Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
  • SpoU rRNA Methylase family
  • Tetratricopeptide repeat
  • UNK1
  • UNK10
  • UNK11
  • UNK2
  • UNK3
  • UNK4
  • UNK5
  • UNK6/mt-LAF15_2
  • UNK7
  • UNK8
  • UNK9
  • bL19m
  • bL20m
  • bL28m
  • bL32m
  • bL33m
  • mL100,mL100
  • mL101
  • mL41
  • mL42
  • mL49
  • mL52
  • mL53
  • mL63
  • mL64,mL64
  • mL67
  • mL68,mL68,mL68
  • mL70
  • mL71
  • mL74
  • mL76
  • mL78
  • mL80
  • mL81
  • mL84
  • mL85
  • mL86
  • mL87
  • mL89
  • mL93
  • mL94
  • mL95
  • mL98
  • mL99
  • mt-LAF12
  • mt-LAF14
  • mt-LAF15_1
  • mt-LAF19
  • mt-LAF4
  • mt-LAF7,mt-LAF7
  • mt-LAF8
  • mt-LSU rRNA
  • uL24m
  • uL29m
  • uL30m
キーワードRIBOSOME / mitochondria / translation / trypanosoma / assembly / evolution / large subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding / post-transcriptional regulation of gene expression / mitochondrial translation ...pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding / post-transcriptional regulation of gene expression / mitochondrial translation / : / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / large ribosomal subunit / protein folding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / rRNA binding / hydrolase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, TruD / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Ribosomal silencing factor during starvation ...Pseudouridine synthase, TruD / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / LIM domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Pentatricopeptide repeat / DnaJ domain / Rhodanese-like domain superfamily / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Alpha/beta knot methyltransferases / 50S ribosome-binding GTPase / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Complex 1 LYR protein domain / Cyclophilin-like domain superfamily / Complex 1 protein (LYR family) / Acyl carrier protein (ACP) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Phosphopantetheine attachment site / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Phosphopantetheine attachment site. / Nucleotidyltransferase superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Carrier protein (CP) domain profile. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Phosphopantetheine binding ACP domain / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / K homology domain-like, alpha/beta / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / helicase superfamily c-terminal domain / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L4/L1 family / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L23 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Uncharacterized protein / GTP-binding protein / Uncharacterized protein / Lipase (Class 3) / SpoU rRNA Methylase family / Uncharacterized protein / Replication restart DNA helicase PriA / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L22p/L17e / Uncharacterized protein / LIM domain containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein / Oligomerization domain containing protein / Uncharacterized protein / Complex1-LYR-like / Uncharacterized protein / RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein / Ribosomal protein L21 / Tetratricopeptide repeat / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L17 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L11 / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / Chaperone protein DNAj, putative / GTP-binding protein, putative / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial RNA binding protein / Uncharacterized protein / DEAD-box helicase, putative / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL29m / Uncharacterized protein / Pseudouridylate synthase, putative / WHIM1 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tobiasson, V. / Gahura, O. / Aibara, S. / Baradaran, R. / Zikova, A. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, チェコ, 6件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO Young Investigator Program to A.A スウェーデン
Czech Science Foundation18-17529S チェコ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Interconnected assembly factors regulate the biogenesis of mitoribosomal large subunit.
著者: Victor Tobiasson / Ondřej Gahura / Shintaro Aibara / Rozbeh Baradaran / Alena Zíková / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes consist of ribosomal RNA and protein components, coordinated assembly of which is critical for function. We used mitoribosomes from Trypanosoma brucei with reduced RNA and increased ...Mitoribosomes consist of ribosomal RNA and protein components, coordinated assembly of which is critical for function. We used mitoribosomes from Trypanosoma brucei with reduced RNA and increased protein mass to provide insights into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit. Structural characterization of a stable assembly intermediate revealed 22 assembly factors, some of which have orthologues/counterparts/homologues in mammalian genomes. These assembly factors form a protein network that spans a distance of 180 Å, shielding the ribosomal RNA surface. The central protuberance and L7/L12 stalk are not assembled entirely and require removal of assembly factors and remodeling of the mitoribosomal proteins to become functional. The conserved proteins GTPBP7 and mt-EngA are bound together at the subunit interface in proximity to the peptidyl transferase center. A mitochondrial acyl-carrier protein plays a role in docking the L1 stalk, which needs to be repositioned during maturation. Additional enzymatically deactivated factors scaffold the assembly while the exit tunnel is blocked. Together, this extensive network of accessory factors stabilizes the immature sites and connects the functionally important regions of the mitoribosomal large subunit.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11845
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: bL28m
A2: uL29m
A3: uL30m
A5: bL32m
A8: bL33m
AA: mt-LSU rRNA
AE: Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative
AF: Ribosomal protein L4/L1 family
AI: RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
AK: Ribosomal protein L11,uL11m
AN: 50S ribosomal protein L13
AP: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
AR: 50S ribosomal protein L17
AT: bL19m
AU: bL20m
AV: Ribosomal protein L21
AW: Ribosomal protein L22p/L17e
AX: Ribosomal protein L23
AY: uL24m
Ae: mL41
Af: mL42
Ag: Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain containing protein
Al: mL49
Ao: mL52
Ap: mL53
At: mL63
Av: mL64,mL64
BA: mL67
BB: mL68,mL68,mL68
BD: mL70
BE: mL71
BF: Tetratricopeptide repeat
BH: mL74
BI: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit
BJ: mL76
BK: Chaperone protein DNAj, putative,mL77,Chaperone protein DNAj, putative
BL: mL78
BN: mL80
BO: mL81
BQ: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
BR: mL84
BS: mL85
BT: mL86
BU: mL87
BW: mL89
BX: LIM domain containing protein,mL90
BZ: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
Ba: mL93
Bb: mL94
Bc: mL95
Bf: mL98
Bg: mL99
Bh: mL100,mL100
UA: UNK1
UB: UNK2
UC: UNK3
UD: UNK4
UE: UNK5
UF: UNK6/mt-LAF15_2
UG: UNK7
UH: UNK8
UI: UNK9
UJ: UNK10
UK: UNK11
XA: mt-LAF7,mt-LAF7
XB: DEAD-box helicase, putative,mt-LAF2
XC: mt-LAF4
XD: Acyl carrier protein
XE: Acyl carrier protein
XF: mt-LAF15_1
XG: 50S ribosomal protein L14
XH: mt-LAF8
XI: mt-LAF14
XJ: RNA uridylyltransferase
XL: GTP-binding protein, putative,mt-EngA
XM: Complex1-LYR-like
XN: mt-LAF12
XO: SpoU rRNA Methylase family
XP: Pseudouridylate synthase, putative
XQ: GTP-binding protein
XR: Lipase (Class 3)
XS: mL101
XT: mt-LAF19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,333,89493
ポリマ－2,331,29583
非ポリマー2,59910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 58種, 59分子 A1A2A3A5A8AIAPATAUAYAeAfAlAoApAtAvBABBBDBEBFBHBJBKBLBNBOBRBS...

#1: タンパク質 bL28m


分子量: 25444.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L6A9
#2: タンパク質 uL29m


分子量: 53072.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38EM7
#3: タンパク質 uL30m


分子量: 17508.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L456
#4: タンパク質 bL32m


分子量: 6931.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LD92
#5: タンパク質 bL33m


分子量: 17173.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L070
#9: タンパク質 RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein


分子量: 25387.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L8Y1
#12: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 41643.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L758
#14: タンパク質 bL19m


分子量: 16154.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LD66
#15: タンパク質 bL20m


分子量: 22376.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KV21
#19: タンパク質 uL24m


分子量: 39724.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZK52
#20: タンパク質 mL41


分子量: 13153.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTI0
#21: タンパク質 mL42


分子量: 15185.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KXE9
#23: タンパク質 mL49


分子量: 20508.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L7H5
#24: タンパク質 mL52


分子量: 14975.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KS48
#25: タンパク質 mL53


分子量: 33284.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L3K9
#26: タンパク質 mL63


分子量: 17103.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZU82
#27: タンパク質 mL64,mL64


分子量: 23722.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTC7
#28: タンパク質 mL67


分子量: 89787.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A5V6
#29: タンパク質 mL68,mL68,mL68


分子量: 40602.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KX69
#30: タンパク質 mL70


分子量: 47556.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L6S3
#31: タンパク質 mL71


分子量: 49032.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZSQ8
#32: タンパク質 Tetratricopeptide repeat


分子量: 48742.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LA84
#33: タンパク質 mL74


分子量: 25893.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KXN2
#35: タンパク質 mL76


分子量: 18931.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KX00
#36: タンパク質 Chaperone protein DNAj, putative,mL77,Chaperone protein DNAj, putative


分子量: 30694.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZQR6
#37: タンパク質 mL78


分子量: 31316.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L166
#38: タンパク質 mL80


分子量: 25435.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZQF0
#39: タンパク質 mL81


分子量: 25450.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KS29
#41: タンパク質 mL84


分子量: 23419.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L538
#42: タンパク質 mL85


分子量: 16955.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38FG8
#43: タンパク質 mL86


分子量: 19667.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L8W0
#44: タンパク質 mL87


分子量: 9886.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KX50
#45: タンパク質 mL89


分子量: 22082.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57WW5
#46: タンパク質 LIM domain containing protein,mL90


分子量: 13189.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L637
#48: タンパク質 mL93


分子量: 16882.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A4T0
#49: タンパク質 mL94


分子量: 11446.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L3K4
#50: タンパク質 mL95


分子量: 16813.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L276
#51: タンパク質 mL98


分子量: 10096.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L4A5
#52: タンパク質 mL99


分子量: 9313.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LDF0
#53: タンパク質 mL100,mL100


分子量: 10554.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L2V1
#59: タンパク質 UNK6/mt-LAF15_2


分子量: 9897.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#65: タンパク質 mt-LAF7,mt-LAF7


分子量: 18502.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q387S8
#66: タンパク質 DEAD-box helicase, putative,mt-LAF2


分子量: 76345.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A9G9
#67: タンパク質 mt-LAF4


分子量: 69432.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A7A5
#68: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 9779.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57WW9
#69: タンパク質 mt-LAF15_1


分子量: 21686.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LB16
#71: タンパク質 mt-LAF8


分子量: 58945.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#72: タンパク質 mt-LAF14


分子量: 78937.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57U79
#73: タンパク質 RNA uridylyltransferase


分子量: 17337.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L766, RNA uridylyltransferase
#74: タンパク質 GTP-binding protein, putative,mt-EngA


分子量: 60253.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZS56
#75: タンパク質 Complex1-LYR-like


分子量: 10607.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L7X4
#76: タンパク質 mt-LAF12


分子量: 70343.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57YY3
#77: タンパク質 SpoU rRNA Methylase family


分子量: 48529.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L241
#78: タンパク質 Pseudouridylate synthase, putative


分子量: 42582.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38FJ3
#79: タンパク質 GTP-binding protein


分子量: 33914.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L0D5
#80: タンパク質 Lipase (Class 3)


分子量: 18808.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L1Y4
#81: タンパク質 mL101


分子量: 21799.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4GZ80
#82: タンパク質 mt-LAF19


分子量: 11412.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KWY9

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 AA

#6: RNA鎖 mt-LSU rRNA


分子量: 242538.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

-
Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 AEAFAKAVAWAX

#7: タンパク質 Ribosomal protein L3 mitochondrial, putative


分子量: 42538.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q580R4
#8: タンパク質 Ribosomal protein L4/L1 family


分子量: 51178.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTM7
#10: タンパク質 Ribosomal protein L11,uL11m


分子量: 29590.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LEQ0
#16: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 20182.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LA68
#17: タンパク質 Ribosomal protein L22p/L17e


分子量: 31952.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L4Z4
#18: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 19685.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KW11

-
50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 ANARXG

#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 20327.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LAE5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 30480.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LAG5
#70: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 19559.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LE16

-
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 AgBI

#22: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain containing protein


分子量: 22110.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LCE5
#34: タンパク質 Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit


分子量: 37503.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KZH2

-
Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BQBZ

#40: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 20286.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57WF8, peptidylprolyl isomerase
#47: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 20411.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTB1, peptidylprolyl isomerase

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タンパク質・ペプチド , 10種, 10分子 UAUBUCUDUEUGUHUIUJUK

#54: タンパク質・ペプチド UNK1


分子量: 3287.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#55: タンパク質・ペプチド UNK2


分子量: 657.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#56: タンパク質・ペプチド UNK3


分子量: 1013.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#57: タンパク質・ペプチド UNK4


分子量: 586.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#58: タンパク質・ペプチド UNK5


分子量: 870.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#60: タンパク質・ペプチド UNK7


分子量: 1368.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#61: タンパク質・ペプチド UNK8


分子量: 1226.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#62: タンパク質・ペプチド UNK9


分子量: 2790.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#63: タンパク質・ペプチド UNK10


分子量: 1794.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#64: タンパク質・ペプチド UNK11


分子量: 3358.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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非ポリマー , 6種, 10分子

#83: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#84: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#88: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.23 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 細胞内の位置: Mitochondrial Matrix / Organelle: Mitochondrion
緩衝液pH: 7.45
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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