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万見
- PDB-7ao9: Structure of the core MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ao9
タイトルStructure of the core MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex
要素
  • Histone deacetylase 1
  • Metastasis-associated protein MTA1
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / Deacetylase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / response to bisphenol A / cellular response to serotonin / Krueppel-associated box domain binding / satellite DNA binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation ...Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / response to bisphenol A / cellular response to serotonin / Krueppel-associated box domain binding / satellite DNA binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / ventricular cardiac muscle tissue development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell population maintenance / endoderm development / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / C2H2 zinc finger domain binding / maternal behavior / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / methyl-CpG binding / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / G1/S-Specific Transcription / locomotor rhythm / odontogenesis of dentin-containing tooth / Sin3-type complex / eyelid development in camera-type eye / histone deacetylase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / E-box binding / SUMOylation of transcription factors / oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / G0 and Early G1 / host-mediated suppression of viral transcription / Regulation of MECP2 expression and activity / hair follicle placode formation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / embryonic organ development / NF-kappaB binding / response to mechanical stimulus / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / positive regulation of Wnt signaling pathway / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / heterochromatin / transcription repressor complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RNA Polymerase I Promoter Opening / negative regulation of cell migration / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hippocampus development / circadian regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / promoter-specific chromatin binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / response to nutrient levels / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants
類似検索 - 分子機能
Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type ...Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone deacetylase / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Myb-like DNA-binding domain / Ureohydrolase domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / Metastasis-associated protein MTA1 / Histone deacetylase 1 / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Millard, C.J. / Fairall, L. / Ragan, T.J. / Savva, C.G. / Schwabe, J.W.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT100237/Z/12/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17136 英国
Wolfson Foundation 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: The topology of chromatin-binding domains in the NuRD deacetylase complex.
著者: Christopher J Millard / Louise Fairall / Timothy J Ragan / Christos G Savva / John W R Schwabe /
要旨: Class I histone deacetylase complexes play essential roles in many nuclear processes. Whilst they contain a common catalytic subunit, they have diverse modes of action determined by associated ...Class I histone deacetylase complexes play essential roles in many nuclear processes. Whilst they contain a common catalytic subunit, they have diverse modes of action determined by associated factors in the distinct complexes. The deacetylase module from the NuRD complex contains three protein domains that control the recruitment of chromatin to the deacetylase enzyme, HDAC1/2. Using biochemical approaches and cryo-electron microscopy, we have determined how three chromatin-binding domains (MTA1-BAH, MBD2/3 and RBBP4/7) are assembled in relation to the core complex so as to facilitate interaction of the complex with the genome. We observe a striking arrangement of the BAH domains suggesting a potential mechanism for binding to di-nucleosomes. We also find that the WD40 domains from RBBP4 are linked to the core with surprising flexibility that is likely important for chromatin engagement. A single MBD2 protein binds asymmetrically to the dimerisation interface of the complex. This symmetry mismatch explains the stoichiometry of the complex. Finally, our structures suggest how the holo-NuRD might assemble on a di-nucleosome substrate.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11838
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Methyl-CpG-binding domain protein 2
D: Metastasis-associated protein MTA1
E: Histone deacetylase 1
A: Metastasis-associated protein MTA1
B: Histone deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,09713
ポリマ－315,4905
非ポリマー1,6078
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, A flag tag on MTA1 was used to purify the complex., gel filtration, Superose 6 column (GE Healthcare, UK), light scattering, Determined with an Optilab T-rEX differential ...根拠: gel filtration, A flag tag on MTA1 was used to purify the complex., gel filtration, Superose 6 column (GE Healthcare, UK), light scattering, Determined with an Optilab T-rEX differential Refractive Index detector coupled to a DAWN HELEOS MALS detector (Wyatt Technology)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16280 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area45060 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 CDAEB

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 43323.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: タンパク質 Metastasis-associated protein MTA1


分子量: 80904.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13330
#3: タンパク質 Histone deacetylase 1 / HD1


分子量: 55178.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC1, RPD3L1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13547, histone deacetylase

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非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Core NuRD deacetylase complex containing two copies of MTA1 and HDAC1 and a single copy of MBD2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES1
275 mMPotassium acetate1
30.5 mMTCEP1
40.1 %Glutaraldehyde1
550 mMTris-HCl1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 40 mA for 120 sec / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 3 seconds, blot force 10

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 129629 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3075
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU1.9画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 167389
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70561 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15ICN

5icn

15ICN1PDBexperimental model
22KY8

2ky8

12KY82PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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