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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7am2 | ||||||
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タイトル | Intermediate assembly of the Large subunit from Leishmania major mitochondrial ribosome | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Mitochondria / Kinetoplastid | ||||||
機能・相同性 | ![]() pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding ...pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / negative regulation of ribosome biogenesis / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / : / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / helicase activity / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / fatty acid biosynthetic process / rRNA processing / large ribosomal subunit / protein folding / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit rRNA binding / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / negative regulation of translation / hydrolase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Soufari, H. / Waltz, F. / Parrot, C. / Bochler, A. / Hashem, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the mature kinetoplastids mitoribosome and insights into its large subunit biogenesis. 著者: Heddy Soufari / Florent Waltz / Camila Parrot / Stéphanie Durrieu-Gaillard / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Marie Sissler / Yaser Hashem / ![]() 要旨: Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential ...Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential for the parasite survival. In kinetoplastid mitochondria, most of the molecular machineries and gene expression processes have significantly diverged and specialized, with an extreme example being their mitochondrial ribosomes. These large complexes are in charge of translating the few essential mRNAs encoded by mitochondrial genomes. Structural studies performed in already highlighted the numerous peculiarities of these mitoribosomes and the maturation of their small subunit. However, several important aspects mainly related to the large subunit (LSU) remain elusive, such as the structure and maturation of its ribosomal RNA. Here we present a cryo-electron microscopy study of the protozoans and mitoribosomes. For both species, we obtained the structure of their mature mitoribosomes, complete rRNA of the LSU, as well as previously unidentified ribosomal proteins. In addition, we introduce the structure of an LSU assembly intermediate in the presence of 16 identified maturation factors. These maturation factors act on both the intersubunit and the solvent sides of the LSU, where they refold and chemically modify the rRNA and prevent early translation before full maturation of the LSU. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 384 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 646.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 64種, 65分子 ABCFGIJKLMNOQRSTVZBACAUABBCBBKBQBNBEAtAuAe...
-Putative ribosomal protein ... , 2種, 2分子 EBO
#4: タンパク質 | 分子量: 40274.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#29: タンパク質 | 分子量: 21633.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BHBl
#46: タンパク質 | 分子量: 25314.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#54: タンパク質 | 分子量: 28924.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-G domain-containing ... , 2種, 2分子 BTBV
#61: タンパク質 | 分子量: 51661.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#64: タンパク質 | 分子量: 86927.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 U7U1U2
#65: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3422.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#67: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3287.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#72: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2647.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1R1R2R5
#73: RNA鎖 | 分子量: 6061920.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#74: RNA鎖 | 分子量: 896.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#75: RNA鎖 | 分子量: 10670.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#76: RNA鎖 | 分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
#78: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#79: 化合物 | ChemComp-ATP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Leishmania mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME Entity ID: #1, #10-#19, #2, #20-#29, #3, #30-#39, #4, #40-#49, #5, #50-#59, #6, #60-#69, #7, #70-#77, #8-#9 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59200 / 対称性のタイプ: POINT |