[日本語] English
万見
- PDB-7a4a: Envelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a4a
タイトルEnvelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum
要素Integrase catalytic domain-containing protein
キーワードVIRAL PROTEIN / class II membrane fusion protein / retroviral envelope protein (Env) / lipid binding protein / disulfide bonding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / nucleic acid binding / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1759 / Retrotransposon, Pao / Peptidase aspartic, putative / Domain of unknown function DUF5641 / Protein of unknown function (DUF1759) / Pao retrotransposon peptidase / Putative peptidase (DUF1758) / Family of unknown function (DUF5641) / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain ...Protein of unknown function DUF1759 / Retrotransposon, Pao / Peptidase aspartic, putative / Domain of unknown function DUF5641 / Protein of unknown function (DUF1759) / Pao retrotransposon peptidase / Putative peptidase (DUF1758) / Family of unknown function (DUF5641) / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrase catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Mata, C.P. / Merchant, M. / Modis, Y.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust217191/Z/19/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM102869-01 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus.
著者: Monique Merchant / Carlos P Mata / Yangci Liu / Haoming Zhai / Anna V Protasio / Yorgo Modis /
要旨: Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus ...Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus evolution. We identify Atlas virus-an intact retrovirus-like EVE in the human hookworm , with an envelope protein genetically related to G-G glycoproteins from the family Phenuiviridae. A cryo-EM structure of Atlas G reveals a class II viral membrane fusion protein fold not previously seen in retroviruses. Atlas G has the structural hallmarks of an active fusogen. Atlas G trimers insert into membranes with endosomal lipid compositions and low pH. When expressed on the plasma membrane, Atlas G has cell-cell fusion activity. With its preserved biological activities, Atlas G has the potential to acquire a cellular function. Our work reveals structural plasticity in reverse-transcribing RNA viruses.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus
著者: Merchant, M. / Mata, C.P. / Liu, Y. / Zhai, H. / Protasio, A.V. / Modis, Y.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11630
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrase catalytic domain-containing protein
B: Integrase catalytic domain-containing protein
C: Integrase catalytic domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,2216
ポリマ－154,5573
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18760 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area51100 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Integrase catalytic domain-containing protein


分子量: 51519.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14- ...詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14-Cys23, Cys66-Cys162, Cys87-Cys135, Cys93-Cys142, Cys98-Cys123, Cys127-Cys132, Cys129-Cys138, Cys246-Cys257, Cys264-Cys277, Cys266-Cys275, Cys337-Cys408, Cys347-Cys350, Cys360-Cys382, Cys373-Cys404.
由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
遺伝子: Acey_s0020.g108, Y032_0020g108 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His / 細胞株 (発現宿主): d.mel-2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A016UZK2
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Viral envelope glycoprotein / タイプ: COMPLEX
詳細: Envelope glycoprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from Ancylostoma ceylanicum
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.143 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞: d.mel-2 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris/HCl (NH12C4O3Cl) 0.1 M NaCl 'sodium chloride' 5 % glycerol (C3H8O3) 0.5 mM TCEP (C9H15O6P)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris/HClNH12C4O3Cl1
20.1 Msodium chlorideNaCl1
35 %glycerolC3H8O31
40.5 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.025 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.2 K / 詳細: Grids were blotted for 4 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 46.18 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3027 / 詳細: Dose rate = 1.28 e- A^-2 per frame
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 36

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU1.9.1画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.15rc3-3435モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
画像処理詳細: Movies were motion-corrected and dose-weighted with MOTIONCOR2.
CTF補正詳細: Aligned, non-dose-weighted micrographs were then used to estimate the CTF.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 987570
詳細: 2D references from initial datasets were used to auto-pick the micrographs. One round of reference-free 2D classification was performed to produce templates for better reference-dependent auto-picking.
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197145 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 82 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement.
原子モデル構築PDB-ID: 6EGU

6egu


PDB chain-ID: A / Accession code: 6EGU
詳細: A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement.
Pdb chain residue range: 691-1136 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00710362
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67314073
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.0863765
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431659
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051821

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る