PDB-7zid: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zid

タイトル

Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum in complex with BDA-14

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Wang, C. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2022年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zid.cif.gz	718.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zid.ent.gz	593.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zid_validation.pdf.gz	796.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zid_full_validation.pdf.gz	826.9 KB	表示
XML形式データ	7zid_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	7zid_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zczC 7zeaC 7zgsC 7zhiC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.260, 90.016, 136.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.866, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	A	A	49 - 381	13 - 345
2	2	1	ALA	ALA	B	B	49 - 377	13 - 341
3	3	2	GLN	GLN	A	A	49 - 382	13 - 346
4	4	2	GLN	GLN	C	C	49 - 382	13 - 346
5	5	3	ALA	ALA	B	B	47 - 377	11 - 341
6	6	3	SER	SER	C	C	47 - 379	11 - 343

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EIZ / tert-butyl N-[3-(2-hydroxyethylcarbamoyl)-5-phenyl-thiophen-2-yl]carbamate / (2S)-2-[[(2S)-4-methyl-2-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoyl]amino]-1-oxidanyl-hexane-1-sulfonic acid タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 362.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002386
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→45.599 Å / Num. obs: 43972 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Num. unique obs: 43972 / CC_1/2: 0.609 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.063

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq

解像度: 2.55→45.599 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.247 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 32.499 / SU ML: 0.292 / Average fsc free: 0.8519 / Average fsc work: 0.8707 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	2205	5.015 %
R_work	0.1991	41766	-
all	0.201	-	-
obs	-	43971	97.994 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.141 Å²	-0 Å²	-5.08 Å²
2-	-	-0.872 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.785 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7824	0	47	26	7897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	8007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.642	10812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.269	1.587	17703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.891	5	963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.793	23.878	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.644	15	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.445	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	7504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.056	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.217	3.311	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.216	3.31	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.683	4.954	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.682	4.956	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.038	3.491	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.987	3.486	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.361	5.158	5983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.297	5.15	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.952	38.8	8775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.925	38.799	8775
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	10241
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.098	0.05	10218
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.102	0.05	10206

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09928	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09928	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09802	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09802	0.05008
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10201	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10201	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.616	0.351	145	0.329	3105	X-RAY DIFFRACTION	98.8443
2.616-2.688	0.352	140	0.331	3041	X-RAY DIFFRACTION	98.9117
2.688-2.766	0.356	174	0.329	2907	X-RAY DIFFRACTION	98.6236
2.766-2.851	0.356	158	0.305	2840	X-RAY DIFFRACTION	98.7158
2.851-2.944	0.34	159	0.287	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.6744
2.944-3.047	0.291	141	0.274	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.9184
3.047-3.162	0.262	133	0.239	2542	X-RAY DIFFRACTION	97.8062
3.162-3.291	0.256	126	0.219	2423	X-RAY DIFFRACTION	96.1524
3.291-3.438	0.267	109	0.211	2256	X-RAY DIFFRACTION	92.0592
3.438-3.605	0.246	130	0.207	2238	X-RAY DIFFRACTION	97.4486
3.605-3.8	0.251	118	0.198	2190	X-RAY DIFFRACTION	99.5257
3.8-4.03	0.23	104	0.183	2046	X-RAY DIFFRACTION	98.8506
4.03-4.308	0.23	106	0.181	1941	X-RAY DIFFRACTION	98.8411
4.308-4.652	0.229	85	0.151	1794	X-RAY DIFFRACTION	97.7627
4.652-5.095	0.175	108	0.142	1637	X-RAY DIFFRACTION	98.2545
5.095-5.695	0.239	88	0.18	1512	X-RAY DIFFRACTION	98.5829
5.695-6.573	0.262	70	0.193	1322	X-RAY DIFFRACTION	98.2357
6.573-8.042	0.229	54	0.179	1147	X-RAY DIFFRACTION	98.362
8.042-11.338	0.188	40	0.142	888	X-RAY DIFFRACTION	98.2011
11.338-45.599	0.199	17	0.234	499	X-RAY DIFFRACTION	94.8529

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.187	0.3685	0.6711	2.7789	-1.1425	4.509	0.1017	0.084	-0.0733	-0.6675	0.0549	0.1996	0.2865	0.1498	-0.1566	0.2561	-0.0324	-0.177	0.433	-0.0438	0.4659	20.2842	37.7586	-17.0591
2	2.2777	1.022	1.8299	2.172	-0.3549	3.2705	0.02	0.0179	-0.0429	0.0908	-0.1538	-0.1076	-0.1162	0.3279	0.1338	0.0198	-0.0893	0.0191	0.5487	-0.0749	0.3411	45.396	49.7115	16.5335
3	1.2569	0.6655	0.5839	4.5648	0.0392	1.2558	0.2169	-0.2454	-0.5189	-0.0605	0.0127	0.1319	0.5838	-0.0628	-0.2295	0.4822	-0.0956	-0.2058	0.6528	0.1555	0.6107	28.5743	9.856	15.3854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	49 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	47 - 377
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	47 - 382

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