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- PDB-7vdp: The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vdp | ||||||
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Title | The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1 | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / CDK5 / p25 | ||||||
Function / homology | ![]() superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / protein localization to synapse / receptor catabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / regulation of dendritic spine morphogenesis / cerebellar cortex formation / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / synaptic transmission, dopaminergic / ErbB-3 class receptor binding / calcium ion import / axon extension / negative regulation of protein export from nucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / motor neuron axon guidance / regulation of synaptic vesicle recycling / axonal fasciculation / embryo development ending in birth or egg hatching / dendrite morphogenesis / regulation of neuron differentiation / synaptic vesicle transport / tau-protein kinase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / receptor clustering / protein kinase activator activity / beta-tubulin binding / oligodendrocyte differentiation / central nervous system neuron development / synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to cocaine / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of cell cycle / DARPP-32 events / alpha-tubulin binding / positive regulation of protein targeting to membrane / ephrin receptor signaling pathway / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / skeletal muscle tissue development / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of microtubule polymerization / sensory perception of pain / synapse assembly / NPAS4 regulates expression of target genes / ephrin receptor binding / regulation of cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / cerebellum development / axonogenesis / cell-matrix adhesion / excitatory postsynaptic potential / filopodium / synaptic transmission, glutamatergic / axon guidance / hippocampus development / negative regulation of proteolysis / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / intracellular protein transport / ionotropic glutamate receptor binding / neuron migration / cell cycle / Hsp90 protein binding / visual learning / tau protein binding / neuromuscular junction / regulation of synaptic plasticity / brain development / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neuron differentiation / microtubule cytoskeleton organization / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron projection development / actin filament binding / p53 binding / rhythmic process / phosphorylation / cell junction / lamellipodium / presynapse / kinase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Daniels, M. / Harmange, J.C. / Ledeborer, M. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Discovery and Optimization of Highly Selective Inhibitors of CDK5. Authors: Daniels, M.H. / Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Williams, B. / Coeffet-Le Gal, M. / Pan-Zhou, X.R. / Venkatachalan, S. / Harmange, J.C. / Ledeboer, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 368.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 303.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vdqC ![]() 7vdrC ![]() 7vdsC ![]() 7vduC ![]() 3o0gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33306.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q00535, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 23331.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 394 molecules ![](data/chem/img/65L.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07809 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→51.79 Å / Num. obs: 74979 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 1501558 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3o0g Resolution: 2.09→51.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.865 / SU ML: 0.109 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.156 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.45 Å2 / Biso mean: 63.908 Å2 / Biso min: 27.93 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.09→51.79 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.09→2.144 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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