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- PDB-7un4: Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7un4 | |||||||||||||||
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Title | Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-propyl-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor | |||||||||||||||
![]() | Dual specificity protein phosphatase 10 | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / phosphatase / protein-tyrosine phosphatase / dual specificity phosphatase / phosphatase-inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by MAPK mutants / negative regulation of JUN kinase activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / myosin phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / protein-serine/threonine phosphatase / dephosphorylation / oligodendrocyte differentiation / phosphatase activity / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of cell migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / response to lipopolysaccharide / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Lolis, E. / Anderson, K.S. / Ellman, J.A. / Bennett, A.M. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Defining the structure-activity relationship for a novel class of allosteric MKP5 inhibitors. Authors: Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Kweon, O.S. / Herrington, J. / Shillingford, S.R. / Papini, C. / Gentzel, E. / Lolis, E. / Bennett, A.M. / Ellman, J.A. / Anderson, K.S. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 447 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 310.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7u4oC ![]() 7u4rC ![]() 7umuC ![]() 7umvC ![]() 7un0C ![]() 6mc1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 323 - 464 / Label seq-ID: 8 - 149
|
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Components
#1: Protein | Mass: 17449.961 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 320-467 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase #2: Chemical | ChemComp-NVF / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM ammonium acetate, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→47.87 Å / Num. obs: 32190 / % possible obs: 82.4 % / Redundancy: 1.63 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Redundancy: 1.61 % / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 2051 / CC1/2: 0.322 / % possible all: 71.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6MC1 Resolution: 2.7→46.19 Å / SU ML: 0.537 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 30.9298 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→46.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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