PDB-7u63: Crystal Structure Anti-Oxycodone Antibody HY2-A12 Fab Complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u63

タイトル

Crystal Structure Anti-Oxycodone Antibody HY2-A12 Fab Complexed with Oxycodone

要素

HY2-A12 Fab Heavy Chain
HY2-A12 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid

機能・相同性

Chem-OOX

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rodarte, J.V. / Pancera, M.P. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Strong, R.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding.
著者: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M.

履歴

登録	2022年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u63.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u63.ent.gz	198.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u63_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u63_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7u63_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	7u63_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u61C 7u62C 7u64C 3tt1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: HY2-A12 Fab Light Chain

H: HY2-A12 Fab Heavy Chain

A: HY2-A12 Fab Light Chain

B: HY2-A12 Fab Heavy Chain

C: HY2-A12 Fab Light Chain

D: HY2-A12 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

142 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: HY2-A12 Fab Light Chain

H: HY2-A12 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: HY2-A12 Fab Light Chain

B: HY2-A12 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: HY2-A12 Fab Light Chain

D: HY2-A12 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.624, 67.989, 85.623
Angle α, β, γ (deg.)	69.130, 67.600, 68.640
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	HY2-A12 Fab Light Chain 分子量: 23042.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	HY2-A12 Fab Heavy Chain 分子量: 23987.631 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-OOX / 14-hydroxy-3-methoxy-17-methyl-5beta-4,5-epoxymorphinan-6-one / Oxycodone / オキシコドン分子量: 315.364 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris pH 8.5, 0.1M 20% PEG 3350 Isopropanol 20%

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 59023 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 103835

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.24-2.28	1.6	0.383	2898	0.716	0.383	0.542	1.062	96.6
2.28-2.32	1.7	0.365	2950	0.75	0.365	0.517	0.942	96.3
2.32-2.36	1.7	0.308	2918	0.804	0.308	0.436	0.947	97
2.36-2.41	1.8	0.275	2979	0.835	0.275	0.389	0.978	97.3
2.41-2.47	1.8	0.233	2905	0.875	0.233	0.329	0.969	97.1
2.47-2.52	1.8	0.208	2974	0.889	0.208	0.295	1.007	97.3
2.52-2.59	1.8	0.165	2962	0.931	0.165	0.233	0.976	97.4
2.59-2.66	1.8	0.128	2900	0.953	0.128	0.182	0.952	97.2
2.66-2.73	1.7	0.1	2967	0.972	0.1	0.141	0.948	97.4
2.73-2.82	1.7	0.078	2973	0.983	0.078	0.111	0.956	96.7
2.82-2.92	1.7	0.06	2933	0.989	0.06	0.085	0.917	97.6
2.92-3.04	1.8	0.05	2964	0.992	0.05	0.071	0.9	97.5
3.04-3.18	1.8	0.038	2949	0.994	0.038	0.054	0.838	97.4
3.18-3.35	1.8	0.032	2952	0.996	0.032	0.045	0.84	98
3.35-3.56	1.7	0.026	2950	0.996	0.026	0.037	0.767	97.2
3.56-3.83	1.7	0.026	2957	0.996	0.026	0.037	0.838	97.7
3.83-4.22	1.8	0.025	3015	0.996	0.025	0.036	0.73	98.5
4.22-4.82	1.8	0.025	2965	0.996	0.025	0.035	0.728	98.2
4.82-6.08	1.7	0.026	2979	0.995	0.026	0.037	0.715	98.6
6.08-50	1.8	0.03	2933	0.997	0.03	0.042	0.823	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TT1

3tt1

解像度: 2.3→42.85 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2822	2633	5.03 %
R_work	0.2257	49712	-
obs	0.2285	52345	92.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.93 Å² / B_iso mean: 35.5981 Å² / B_iso min: 5.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→42.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9304	0	69	239	9612
B_iso mean	-	-	34.25	26.78	-
残基数	-	-	-	-	1258

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.3505	94	0.287	1732	1826	61
2.34-2.39	0.3358	104	0.2768	1917	2021	68
2.39-2.44	0.3537	133	0.2734	2313	2446	82
2.44-2.49	0.3158	123	0.2718	2530	2653	90
2.49-2.55	0.3239	151	0.2742	2700	2851	95
2.55-2.61	0.3572	126	0.2664	2764	2890	97
2.61-2.68	0.3819	135	0.2617	2718	2853	97
2.68-2.76	0.3018	139	0.2569	2783	2922	98
2.76-2.85	0.3095	149	0.2563	2729	2878	97
2.85-2.95	0.312	157	0.2566	2764	2921	98
2.95-3.07	0.3349	160	0.2502	2735	2895	98
3.07-3.21	0.345	145	0.2522	2731	2876	97
3.21-3.38	0.3099	159	0.2428	2725	2884	98
3.38-3.59	0.2671	149	0.2183	2752	2901	97
3.59-3.87	0.2529	142	0.216	2755	2897	98
3.87-4.25	0.2531	155	0.1882	2792	2947	98
4.25-4.87	0.1927	139	0.1715	2777	2916	98
4.87-6.13	0.2376	164	0.1888	2755	2919	99
6.13-42.85	0.2414	109	0.2071	2740	2849	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)