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- PDB-7tgv: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgv
タイトルStructure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B2
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE/ISOMERASE inhibitor / Peptidyl-prolyl isomerase / oxidative stress / necrosis / mitochondrial permeability / ISOMERASE / ISOMERASE-ISOMERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / negative regulation of ATP-dependent activity / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / negative regulation of ATP-dependent activity / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / response to ischemia / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptide binding / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3X / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA260772 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118062 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)EB022376 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119437 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD028478 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.
履歴
登録2022年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5082
ポリマ－17,6521
非ポリマー8561
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.838, 67.410, 38.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.371, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-I3X / (4S,7S,11R,13E,19S)-N-[2-(2-aminoethoxy)ethyl]-7-benzyl-4-[([1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosine-19-carboxamide


分子量: 856.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H57N7O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 28% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:3 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator; Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→37.7 Å / Num. obs: 31004 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 9.55 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.46→1.486 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.046 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1557 / CC1/2: 0.574 / CC star: 0.91 / Rpim(I) all: 0.507 / Rrim(I) all: 1.167 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit


解像度: 1.46→37.7 Å / SU ML: 0.1032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.6986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1786 1531 4.96 %
Rwork0.1654 29342 -
obs0.166 30873 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 63 112 1411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50611867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0913194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9239202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.510.21821410.18222622X-RAY DIFFRACTION98.64
1.51-1.560.16941260.16452679X-RAY DIFFRACTION98.87
1.56-1.620.16861450.14972646X-RAY DIFFRACTION99.18
1.62-1.70.17121350.14922668X-RAY DIFFRACTION99.36
1.7-1.790.19671550.16012645X-RAY DIFFRACTION99.5
1.79-1.90.1681340.16362677X-RAY DIFFRACTION99.54
1.9-2.050.18131590.17412639X-RAY DIFFRACTION99.26
2.05-2.250.18361310.1722671X-RAY DIFFRACTION99.12
2.25-2.580.17831220.17792702X-RAY DIFFRACTION99.23
2.58-3.250.18681450.17112660X-RAY DIFFRACTION99.15
3.25-37.70.16581380.15462733X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.842648318436-0.3590214182890.1751401450991.37523188766-0.3427792910663.038270833930.0166635791730.008358722965810.06033145028590.0187066630519-0.00812375875954-0.022979239669-0.241834970502-0.038390946714-0.001152900136050.07546210906950.0005747282666460.0126265540310.07667558803650.001548292701380.0909191610189-6.7365940502420.675259822637.4733722645
23.989893410541.14878353958-2.166362191712.535734833960.2018824851524.50651894049-0.0407820931506-0.138799780970.06460882241510.110338622338-0.0314752859135-0.2382890447850.04606872085830.1242570072560.06865069216860.05382217437220.00589147063927-0.01055215071730.0583733183210.001166937664640.07942561099470.44942358061214.713722390744.7193963017
34.325106773130.8257095530150.9265110693780.7844616450780.2115723262690.9178975469190.04860486486440.0615615752107-0.000782886364855-0.0499716623206-0.0282335566516-0.0008094449036050.05983812710390.0356167719261-0.01016390671490.09936530920550.0198135259055-0.0065136957580.0723962022942-0.0008577675426840.0752062906209-5.8243180166310.139226298232.9616306036
40.782133625455-0.07410191035860.2588370359681.34334499316-0.2865744613411.041196822580.0159196986712-0.00397674131257-0.08361400186010.0196711136591-0.01359604603240.02626347675190.06296914114070.01173249138970.0005615576465760.07330556464380.00428376991244-0.004135018140050.0600725418737-0.0008259168667360.0707133869895-7.216563651025.9257380867641.5000570367
51.47045053953-0.6660682550440.06246969683941.81214133418-1.183009014432.47448578748-0.0459505030769-0.00256417688724-0.03412239181660.2133956674140.05076844938060.234674290278-0.105666041977-0.049110183918-0.02619112829370.04420458497160.008689657913840.0008924879357780.0680085648681-0.008055161525130.070756301155-12.695140589113.110228849243.7739825838
63.987789199451.609651985310.3575678097612.93859990082.612604505556.45289788966-0.005605618092370.08113413471780.176605209599-0.134682923367-0.007216408939520.145403143223-0.179121188894-0.01646818117530.008114011006430.1068602273480.0294498247415-0.004326188659920.07491251095690.01511577856740.103039913136-16.351627052417.976234104629.1336025782
76.729907250382.93498707643-1.935766763343.96362990746-1.918569703874.35596789241-0.0433356501450.390092272062-0.502011622571-0.467286906467-0.0911808410418-0.08125345751640.319420989401-0.1216854471660.06409281627850.1806859141660.0232792713811-0.01310525462370.13860895529-0.05939143635310.119067951677-12.5856016737.2835104962522.5821687041
82.435667440221.311105020231.519958087413.923169463943.914166074477.350450094830.03266791427820.09417816869740.136099195073-0.2689069596750.024728919073-0.206821277671-0.44317308420.252151835245-0.02372051430250.1089170688020.01117488945550.009421566072750.09171430336370.03766085385760.131664287089-1.4943989997721.218911944734.0496589797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resid 2 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resid 30 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 42 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 65 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 123 through 135 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resid 136 through 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'X' and (resid 146 through 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'X' and (resid 156 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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